Шестой семестр

Молекулярная динамика

• Силовое поле используемое при построении топологии топологии - ffgmx.
• Заряд системы 0
• Размер и форму ячейки 6.26000, 4.44300 и 5.77800 нм
• Минимизация энергии :
  • Алогритм минимизации энергии

  integrator = l-bfgs
  Квази-Ньютоновский алгоритм в соответствии с методом Бройден-Флетчер-Голдфарб-Шано (BFGS)
  использования малого количества памяти

  • Алгоритм расчёта электростатики

  coulombtype = Cut-off.
  Объединяется область отсечения со списком отсечения соседей (neighborlist cut-off) rlist и отсечения для кулоновских
  взаимодействий (Coulomb cut-off) rcoulomb, где rcoulomb ? rlist.

  • Алгоритм расчета Ван-дер-Ваальсовых взаимодействий.

  coulombtype = Cut-off
  Объединяется область отсечения со списком отсечения соседей (neighborlist cut-off) rlist и отсечения
  Ван-дер-Ваальсовых взаимодействий (VdW cut-off) rvdw, где rvdw ? rlist.

• Утряска растворителя:
  • Число шагов.

  10000

  • Длина шага.

  0.001

  • Алгоритм расчёта электростатики и Ван-дер-Ваальсовых взаимодействий.

  coulombtype = pme
  Быстрое вычисление электростатики по методу Эвальда Particle-Mesh.
  
  vdw-type = Cut-off

  • Алгоритмы термостата и баростата.

  Tcoupl              =  Berendsen
  Контроль температуры термостатом Берендсена 
  
  Pcoupl              =  no
  Без контроля давления. Это означает фиксированный размер ячейки.

• Основной расчёт МД
  • Время моделирования, количество процессоров, эффективность маштабирования.

  03:18:07 ;16; 21%

  • Если моделирование окончилось с ошибкой, указать ошибку.

  The Z-size of the box (2.000160) times the triclinic skew factor (1.000000) is smaller than
  the number of DD cells (2) times the smallest allowed cell size (1.000000)

  • Длину траектории

  50000.0 ps

  • Число шагов

  10000000 (прошло 8008000)

  • Длина шага

  0.005

  • Алгоритм интегратора.

  integrator = md

  • Алгоритм расчёта электростатики и Ван-дер-Ваальсовых взаимодействий.

  coulombtype = pme 
  vdw-type = Cut-off

  • Алгоритмы термостата и баростата.

  Tcoupl = v-rescale
  Контроль температуры по методу "Velocity rescale"  
  
  Pcoupl = Berendsen
  Контроль давления с помощью экспоненциальной релаксации. Ячейка пересчитывается каждый шаг