Здесь будет эмблема,извините за недоработку

Пробные Выравнивания
Главная
Первый семестр
Второй семестр

Таблица 1. Результаты поиска гипотетических гомологов белка 1IHF_ECOLI

  Поиск по БД Swiss-Prot Поиск по БД PDB Поиск по БД "nr"
1. Лучшая находка (в принципе должна соответствовать заданному белку)
Идентификатор БД P0A6Y1 pdb|1IHF|B NP_286787.1
E-value 6e-50 4e-51 1e-48
Вес (в битах) 195 195 195
% идентичности 100% 100% 100%
Найдены ли другие белки с теми же значениями E-value и веса в битах?
Если найдены, то укажите общее число и приведите один идентификатор (любой, но желательно Swiss-Prot ID)		 - pdb|1OWG|B -
2. Сколько хороших кандидатов в гомологи найдено? (число находок в списке описаний, Descriptions, с E-value < 1E-10) 197 34 895
2. "Худшая" находка (последняя в выдаче с E-value < 1)
Номер находки в списке описаний (Descriptions) 395 43 2430
Идентификатор БД Q90610 pdb2Z62|A ref|YP_303251.1
E-value 0,20 0,92 0,92
Вес (в битах) 33.9 28.1 36.2
% идентичности 30% 30% 26%
% сходства 52% 57% 47%
Длина выравнивания 55 33 69
Координаты выравнивания (номера первых и последних а.о. выровненых участков последовательности IHFB) 36_91 20_52 1_69
% гэпов 0% 0% 0%
1. При помощи BLAST удалось найти последовательность изучаемого белка (1IHF_ECOLI; IHFB_ECOLI; P0A6Y1) в банках SWISPROT и nr, а также структуру в банке PDB.
2. Вес в битах сравнения белка с самим собой во всех трех поисках одинаков, а e-value различны т. к. оно зависит от числа последовательностей в банке, по которому проходил поиск
3. Меньше всего потенциальных гомологов в PDB больше всего в nr т.к. всего последовательностей меньше в PDB и больше в nr.
4. "худшие" находки - различны т.к. количество последовательностей в банках различно. Я полагаю, что лучшая из них Q90610 т.к. у неё наибольшее различие в e-value со следующим за ней.
2).Поиск гипотетических гомологов изучаемого белка с фильтром по таксонам
Таксоны Homo sapiens Archea Actinobacteria Alteromonadales Vibronacea
Идентификатор БД no results ref|YP_002567214.1 ref|ZP_03821322 sp|A1S6D6 sp|Q6LPE4.1
E-value - 4e-08 3e-13 4e-39 2e-42
Вес (в битах) - 55.1 73.6 157 168
% идентичности - 42% 37% 82% 84%
% сходства - 60% 59% 89% 94%
Длина выравнивания - 60 91 91 91
Координаты выравнивания (номера первых и последних а.о.) - 23_71 1_91 1_91 1_91
%гэпов - 14% 1% 0% 0%

Во всех исследовавшихся таксонах, кроме Homo sapiens были надены гомологи изучаемого белка(IHFB_ECOLI)
3.Поиск заданного, но неизвестного белка по его фрагменту Здесь:
  Поиск по фрагменту Поиск по полной последовательности
AC лучшей находки Q4UKH2.2 Q4UKH2.2(ID: DBH_RICFE)
E-value 2e-15 8e-53
вес 79.1 204
Найдены ли другие белки с теми же значениями веса и e-value Q92J57.2 -
Комментарий: длина выравнивания последовательности с собой больше, чем с частью,следовательно, больше вес, а e-value меньше. 
Q4UKH2      1   MNKTEFIAFMTDHGHNHKHASHKTLTKADAEKALNLVLDSVISAIKSHHNINITGFGSFE  60
                M K+E I  +        H   KT+     E A+  +L+ + S +     I I GFGSF 
IHFB_ECOLI  1   MTKSELIERLATQ---QSHIPAKTV-----EDAVKEMLEHMASTLAQGERIEIRGFGSFS  52

Q4UKH2      61  IHHRKAREGRNPKTGAKMKIDAYNQPTFRAGRKMKEACN  99
                +H+R  R GRNPKTG K++++    P F+ G+++++  N
IHFB_ECOLI  53  LHYRAPRTGRNPKTGDKVELEGKYVPHFKPGKELRDRAN  91
в первом задании блока выравнивались фрагменты с номерами позиций в данном выравнивании 3_26
консервативные позиции в выравнивании BLAST и ручного выравнивания совпадают, но гэп я расположил иначе
4).Глобальное выравнивание (needle)
Кликнете здесь, чтобы открыть файл в формате msf
Локальное выравнивание (water)
Кликнете здесь, чтобы открыть файл в формате msf
выравнивание BLAST идентично локальному выравниванию и за исключением концевого участка IYG глобальному выравниванию приштрафе за открытие гэпа 11 и штрафе за продолжение 1.
Главная Второй семестр