Биологический смысл выравнивания, Построение выравнивания по пространственным структурам белка

1. Рассматриваемый фрагмент выравнивания:

Характеристика паттерна	Паттерн	В скольких последовательностях банка Swis-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну	Все ли последовательности из выравнивания найдены
Фрагмент последовательности	HYRAPRTGRNPKTGDKVELEG	42	НЕТ
Сильный	[HSN]-[YQR]-R-[PAES]-[PS]-R-[LTVI]-GRNPK-[TS]-G-[ETD]-[SKQ]-V-[ADELH]-[LV]-[PED]-[GE]	90	ДА
Слабый	R-x-[PS]-R-x-GRNPK-[TS]-G-[ETD]-[SKQ]-V-x-[LV]	122	ДА

2. Поиск мотивов в последовательности.

Идентификатор документа PROSITE (AC)	Название мотива	Краткое описание мотива	Тип подписи (паттерн, профиль)	Паттерн (регулярное выражение)	Специфична ли подпись?	Сколько мотивов нашлось в белке?
PS00006	CK2_PHOSPHO_SITE	Casein kinase II сайт фосфорилирирования	Паттерн	[ST] - x(2) - [DE] [S or T is the phosphorylation site]	неспецифичен	2
PS00007	TYR_PHOSPHO_SITE	Tyrosine kinase phosphorylation site	Паттерн	[RK] - x(2) - [DE] - x(3) - Y or [RK] - x(3) - [DE] - x(2) - Y	неспецифичен	1
PS00005	PKC_PHOSPHO_SITE	Protein kinase C phosphorylation site	паттерн	[ST] - x - [RK]	неспецифичен	1
PS00045	HISTONE_LIKE	Bacterial histone-like DNA-binding proteins signature	паттерн	[GSK] - F - x(2) - [LIVMF] - x(4) - [RKEQA] - x(2) - [RST] - x(1,2) - [GA] - x - [KN] - P - x - [TN]	специфичен	1