|
|
|
Результат работы алгоритма Psi-Blast для белков: MINC_ECOLI, SSRP_ECOLI, NUSB_ECOLI, IHFB_ECOLI:
| ID белка |
AC белка |
Число итераций |
Для первой итерации |
Для последней итерации |
| Число находок выше порога (0,005) |
Худшее E-value выше порога |
Лучшее E-value ниже порога |
Число находок выше порога (0,005) |
Худшее E-value выше порога |
Лучшее E-value ниже порога |
| MINC_ECOLI |
P18196 |
5 |
126 |
0,004 |
0,005 |
241 |
0,003 |
0,0011 |
| SSRP_ECOLI |
P0A832 |
2 |
451 |
3e-10 |
5.1 |
451 |
3e-10 |
5.1 |
| NUSB_ECOLI |
P0A780 |
4 |
333 |
0,003 |
0,008 |
394 |
2e-12 |
0,031 |
| IHFB_ECOLI |
P0A6Y1 |
2 |
394 |
0,004 |
0,001 |
405 |
2e-04 |
0,38 |
Интересно отметить, что e-value лучшей находки ухудшается(увеличивается) с каждой итерацией, а e-value "средней" находки улучшается(уменьшается).
Что на мой взгляд, связано с увеличением кол-ва последовательностей с каждой следующей операцией.
2. Если уменьшить порог до 0,001 то алгоритм для последовательности MINC_ECOLI "сходится", также он "сходится" и для порога 0,002; а для 0,003 уже нет.
|
