Третий семестр
| Главная |
| Первый семестр |
| Второй семестр |
| Третий семестр |
Занятие 1
Отобранные бактерии
| Название | Мнемоника |
| Agrobacterium tumifaciens | AGRRK |
| Rhodobacter sphaeroides | RHOS4 |
| Ralstonia pickettii | RALPJ |
| Pseudomonas aeruginosa | PSEAE |
| Erwinia carotovora | ERWCT |
| Salmonella typhimurium | SALTY |
| Yersinia pseudotuberculosis | YERPS |
| Vibrio fischeri | VIBFM |
Скобочная формула дерева
((AGRRK, RHOS4),(RALPJ,(PSEAE,(VIBFM,(YERPS,(ERWCT,SALTY))))));
Изображение дерева
Ветви дерева
Дерево содержит пять нетривиальных ветвей:1) {AGRRK, RHOS4} против {PSEAE, VIBFM, YERPS, ERWCT, SALTY, RALPJ}
2) {AGRRK, RHOS4, RALPJ} против {PSEAE, VIBFM, YERPS, ERWCT, SALTY}
3) {AGRRK, PSEAE, RHOS4, RALPJ} против {VIBFM, YERPS, ERWCT, SALTY}
4) {AGRRK, VIBFM, PSEAE, RHOS4, RALPJ} против {YERPS, ERWCT, SALTY}
5) {AGRRK, YERPS, VIBFM, PSEAE, RHOS4, RALPJ} против {ERWCT, SALTY}
Занятие 2
1. Из отобранных бактерий AGRRK и RHOS4 являтся Alphaproteobacteria;
RALPJ - Betaproteobacteria;
PSEAE, VIBFM, YERPS, ERWCT, SALTY - Gammaproteobacteria;
3. Выравнивание производилось для рибосомальных белков L2 бактерий
5. Результат работы fprotpars: (((RHOS4,AGRRK),(((YERPS,(SALTY,ERWCT)),VIBFM),PSEAE)),RALPJ);Восстановленное дерево совпадает с исходным. 6. Матрица расстояний подученная fprotdist
8 RALPJ PSEAE VIBFM ERWCT SALTY YERPS AGRRK RHOS4
RALPJ 0.000000 0.337194 0.331253 0.381624 0.392551 0.377669 0.712684 0.701248
PSEAE 0.337194 0.000000 0.208965 0.233496 0.234401 0.215059 0.582126 0.617603
VIBFM 0.331253 0.208965 0.000000 0.202292 0.206797 0.192907 0.603502 0.621542
ERWCT 0.381624 0.233496 0.202292 0.000000 0.025764 0.045255 0.618119 0.617710
SALTY 0.392551 0.234401 0.206797 0.025764 0.000000 0.041323 0.613315 0.605913
YERPS 0.377669 0.215059 0.192907 0.045255 0.041323 0.000000 0.591298 0.618404
AGRRK 0.712684 0.582126 0.603502 0.618119 0.613315 0.591298 0.000000 0.391240
RHOS4 0.701248 0.617603 0.621542 0.617710 0.605913 0.618404 0.391240 0.000000
Расстояния от AGRRK и RHOS4 до VIBFM 0.603502 и 0.621542, расстояния от ERWCT и SALTY до RALPJ 0.381624 и 0.392551
Отклоненме от ультраметричности составляет порядка 0.01;
Рассмотрим 4 ветви RALPJ PSEAE VIBFM ERWCT
тогда суммы равны
0,337194+0,202292=0,539486
0,331253+0,233496=0,564749
0,381624+0,208965=0,590589
Аддитивность не удается подтвердить.
7. Результат работы fneighbor(neighborjoing алгоритм): ((PSEAE:0.10070,(VIBFM:0.08879,((ERWCT:0.01247,SALTY:0.01329):0.01487,
YERPS:0.01554):0.08829):0.01667):0.01435,(AGRRK:0.19051,
RHOS4:0.20073):0.28706,RALPJ:0.22429);
Результат работы fneighbor(neighborjoing алгоритм): ((RALPJ:0.18203,(PSEAE:0.11149,(VIBFM:0.10033,((ERWCT:0.01288,
SALTY:0.01288):0.00876,YERPS:0.02164):0.07869):0.01116):0.07054):0.13062,
(AGRRK:0.19562,RHOS4:0.19562):0.11702);
В обоих случаях дерево восстановлено верно.
Занятие 3
retree
Дерево укоренено в ветвь {AGRRK, RHOS4} против {PSEAE, VIBFM, YERPS, ERWCT, SALTY, RALPJ},
что полностью совпадает с исходным деревом.
Аутогруппа
Полученное дерево совпадает с исходным
((((((((SALTY,ERWCT),YERPS),VIBFM),PSEAE),RALPJ),BACSU),RHOS4),
AGRRK);
Бутстреп
Существенные отличия отсутствуют.
+------------------------------------------------RHOS4
|
| +----------------------------------RALPJ
| |
| | +------ERWCT
| | +-91.0-|
| +-100.0-| +-100.0-| +------SALTY
| | | | |
| | | +-58.0-| +-------------YERPS
| | | | |
+------| +-69.3-| +--------------------VIBFM
| |
| +---------------------------PSEAE
|
+-----------------------------------------AGRRK
Занятие 4
Правильно определены только две ветви:
{AGRRK, VIBFM, PSEAE, RHOS4, RALPJ} против {YERPS, ERWCT, SALTY}
{AGRRK, RHOS4} против {PSEAE, VIBFM, YERPS, ERWCT, SALTY, RALPJ}
+ERWCT
+--6
| | +SALTY
+--4 +--5
| | +-YERPS
| |
+------3 +-PSEAE
| |
| | +-AGRRK
| +--2
| +-RHOS4
|
1----------------------------------VIBFM
|
+---------------RALPJ
2.Ортологи и паралоги
Параллоги:
B2UIS9_RALPJ и B2UE66_RALPJ
Ортологи:
HSLU_YERPS и HSLU_SALTY
B9JPL8_AGR и B5FCR8_VIB
+-----------------B2UGP9_RAL
!
! +--Q66F66_YER
! +-18
+----14 +-17 +--Q6D9B8_ERW
! ! ! !
! ! +----16 +-----B5FA73_VIB
! ! ! !
! +-15 +--------Q9HV48_PSE
+-12 !
! ! ! +--B9J9H1_AGR
! ! +----------13
! ! +--Q3J045_RHO
+-------------------------10 !
! ! ! +--B2UIS9_RAL
! ! +-------------------11
! ! +--B2UE66_RAL
! !
! +--------------------------B2U6W7_RAL
!
+--8 +--B9JPL8_AGR
! ! +-20
! ! +----------------19 +--B5FCR8_VIB
! ! ! !
! ! ! +-----Q9I5R4_PSE
! ! !
! ! ! +--HSLU_YERPS
! ! ! +--7
! +-----------------------------9 +--6 +--HSLU_SALTY
+--2 ! ! !
! ! ! +--5 +-----HSLU_VIBFM
! ! ! ! !
! ! ! +--4 +--------HSLU_PSEAE
! ! ! ! !
1 ! +--------3 +-----------HSLU_RALPJ
! ! !
! ! +--------------HSLU_RHOS4
! !
! +--------------------------------------------------------B9JD33_AGR
!
+-----------------------------------------------------------Q3J2H6_RHO
Главная
Второй Семестр