Третий семестр

Работа в PyMOL с записью 1KMY банка PDB.

2.Поиск странностей в записях.
запись 5RXN банка PDB
Год расшифровки 1984
Разрешение 1.2 Ангстрем Изображение треонинов:



С-альфа одного из треонинов в S-конфигурация - глюк программы обработки данных. записи PDB.



запись 1GT0. Изучим участок цепи C с 75 по 100 остатки.
Год расшифровки: 2002
Разрешение: 2.6 Ангстрем


Изображение цепи:


Возможно часть цепи неправильно закристализовалась

В поле REMARK содержится запись:

REMARK 465                                                                      
REMARK 465 MISSING RESIDUES                                                     
REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE                       
REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN               
REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.)                
REMARK 465                                                                      
REMARK 465   M RES C SSSEQI                                                     

• В записи 1DLP изучили остатки 136 цепи A и 167 цепи С Видим ковалентные связи.Ковал связь определяется, как расстояние между центрами атомов меньше 2 Ангстрем. А в программе не стояло должных ограничений и она восприняла как ковалентную связь. Поэтому получилось "странная" структура.

load 5rxn.pdb
hide everything, not resn thr
show sticks, resn thr
label resn thr and name ca,"%s-%s" % (resn,resi)