Главная Первый семестр Второй семестр Pymol		Scope Cath Описание доменов белка 1IHF с помощью Scope Домен1 Protein: Integration host factor Альфа субъединица (IHFA) Организм E. Coli [TaxId: 562] [a.55.1.1] Расположение 1-99 цепь A. Класс: Альфаспиральные белки Укладка IHF-like ДНК-связывающие белки Суперсемейство IHF-like ДНК-связывающие белки Семейство Прокариотические ДНК-связывающие белки Это суперсемесемейство содержит два семейства Одно суперсемейство имеет такую укладку Домен1 Protein: Integration host factor Бета субъединица (IHFB) Организм E. Coli [TaxId: 562] [a.55.1.1] Расположение 1-94 цепь B. Класс: Альфаспиральные белки Укладка IHF-like ДНК-связывающие белки Суперсемейство IHF-like ДНК-связывающие белки Семейство Прокариотические ДНК-связывающие белки Это суперсемесемейство содержит два семейства Одно суперсемейство имеет такую укладку СATH Домен 1IHFA 2-97 цепь A 4.10.520.10.3.1.1.1.4 архитектура Few Secondary Structures топологиz Irregular cуперсемейство HU Protein; Chain A семейство HU Protein, subunit A Домен 1IHFA 1-94 цепь B 4.10.520.10.3.1.1.1.4 архитектура Few Secondary Structures топология Irregular cуперсемейство HU Protein; Chain A семейство HU Protein, subunit A Это суперсемесемейство содержит два семейства Одно суперсемейство имеет такую укладку 3. Небольшие различия в определении координат доменов, различия в номенклатуре одних и тех же таксонов. 4.  Создадим выравнивание каких-нибудь двух доменов (первый домен белка 1U94 и домен белка 1chd) с одной топологией по CATH (Rossmann fold), но из разных суперсемейств(1U94 - 3.40.50.300, 1CHD - 3.40.50.180). Построим программой PDBeFOLD (она же SSM) структурное выравнивание цепи A из 1U94 и цепи A из 1CHD. Выравнивание По данному выравниванию с помощью сервиса Geometrical core найдем геометрическое ядро с порогом 2 ангстрема. Pos. 1CHD_A 1U94_A 82 SER182 GLY87 83 PRO183 LYS88 84 ALA184 THR89 85 VAL185 CYS90 86 ILE186 ALA91 87 ILE187 PHE92 88 THR188 ILE93 89 GLN189 ASP94 90 HIS190 ALA95 110 SER210 ASP110 111 VAL211 ILE111 161 ASP261 LEU126 164 PHE264 CYS129 165 HIS265 ASP130 166 SER266 ALA131 167 VAL267 LEU132 170 HIS270 SER135 171 ALA271 GLY136 183 MET283 ALA147 209 TYR295 ALA179 229 VAL311 GLN194 Совместим в PyMOL командой pair-fit структуры по C-альфа-атомам, входящим в геометрическое ядро(RMS = 1.231). (зеленым -1u94, голубым- 1chd) Домен белка 1u94 больше и часть его ни с чем не совместитась. RMSD достаточно высоко(1.231).Т.е. домены, имеющие одинаковую топологию, но входящие в разные суперсемейства,имеют слабо выраженную сходную пространственную структуру.
		Главная Второй Семестр