Здесь будет эмблема,извините за недоработку

Третий семестр
Главная
Первый семестр
Второй семестр
Pymol

технические характеристики записи PDB 1IHF

  • Разрешение (RESOLUTION) - 2.20 ангстрем
  • Число рефлексов (NUMBER OF REFLECTIONS) - 21918
  • Полнота (процент рефлексов с разрешением ниже указанного)(COMPLETENESS) - 81.5
  • R-фактор (R VALUE) - 0.192
  • Свободный R-фактор и процент рефлексов, использованных для его вычисления (если эти данные приведены в записи)(FREE R VALUE) - 0.255
  • Кристаллографическая группа и тип симметрии (P, I, ...) (CRYST1) - P 21 21 21
  • Длины векторов (CRYST1) a=47.360 , b=59.920 , c=180.800 (базисных периодов кристаллической решётки).
  • Ортогональны ли базисные периоды? (ORIGX) - да
  • Совпадает ли абсолютная система координат с депонируемой (используемой в записи PDB)? (ORIGX SCALE) - да
  • Совпадает ли (по данным записи PDB) биологическая единица с ассимметрической единицей, записанной в файле? (REMARK 300 BIOMOLECULE) - да
  • Есть ли в структуре атомы с коэффициентом заполнения, меньшим 1? (ATOM) - нет, все 1

Вычислите относительные координаты одного из Сα-атомов своего белка.
Переход от ортогональных(абсолютных) к относительным координатам SCALE: 
SCALE1      0.021115  0.000000  0.000000                                
SCALE2      0.000000  0.016689  0.000000                              
SCALE3      0.000000  0.000000  0.005531                               

Абсолютные координаты С&alpha атома

ATOM   1729  CA  SER A  19      -6.919  -8.628  45.549



Умножим матрицу на вектор - относительные координаты атома: -0,146094685 -0,143992692  0,251931519 


Сравнение биологической и ассимеирической субъединиц белка 1PNR

Биологическая:



Ассиметрическая:



По ассиметрической субъединице нельзя определить, как взаимодействуют субъединицы и какая поверхность доступна для контактов.
Главная Второй Семестр