Третий семестр

1.  Проанализируем выдачу программы PROCHECK для своей записи PDB 1IHF. Для этого воспользуемся базой данных PDBSum и со страницы своей структуры пройдем по гиперссылке "PROCHECK" (слева).

   Скопируем в отчёт карту Рамачандрана своей структуры.
   
   

   
                                            No. of
                                           residues     %-tage
                                            ------      ------
   Most favoured regions      [A,B,L]          155       95.7%          
   Additional allowed regions [a,b,l,p]          7        4.3%          
   Generously allowed regions [~a,~b,~l,~p]      0        0.0%          
   Disallowed regions         [XX]               0        0.0%          
                                              ----      ------
   Non-glycine and non-proline residues        162      100.0%
   
   End-residues (excl. Gly and Pro)             73
   
   Glycine residues                             15
   Proline residues                             10
                                              ----
   Total number of residues                    260
   

   
   Ни один остаток не попал в разрешенную или запрещенную области.
   Приведем процент остатков (отличных от Gly и Pro, они обозначены голубими треугольничками), попавших в предпочитаемые области на карте (красная область). 7 остатков, отличных от Gly и Pro, попали в допустимую область, два - в запрещенную. В предпочитаемой - 155 остатков. Таким образом, процент попавших в предпочитаемую область остатков 95,7% Это значение больше 90%, что является хорошим показателем структуры.
2.  На сервере EDS зайдем на страницу своей структуры. Пройдем по гиперссылке "Significant regions" Большой Z-score по RSR имеет только три остатока цепи B: 92 ILE(изолейцин) RSR=0,262;
   93 TYr(тирозин) RSR=0,216;
   94 GLY(глицин) RSR=0,441; . Создадим изображение этих остатков, на котором был бы видна его модель и электронная плотность вокруг него (поверхность уровня 1 электр. плот.).
   
   
   Наблюдаем отсутствие у остатка Тирозина всех атомов кроме С1.
   Значения:

   
        пространственного R-фактора (RSR)=0,262; 0,216; 0,441; 
        коэффициента корреляции для электронной плотности ("real-space correlation coefficient") =0,873; 0,651; 0,632
        Z-score пространственного R-фактора для этого остатка=2,918; 2,312; 5,75. 
   

   Простр. R-фактор >10%, а Z-score >0. Это говорит о том, что действительно расположение остатков плохое.Как видно из картинки, остаток очень плохо вписался в электронную плотность

    

3.  Со страницы своей структуры в EDS пройдем по гиперссылке "PDB_REDO". Изучим таблички "R-values" и "WHAT_CHECK validation"

   Улучшились показатели: 
   
   R,
   R-free,
   1st generation packing quality,
   2nd generation packing quality,
   Ramachandran plot appearance,
   Chi-1/Chi-2 rotamer normality,
   Backbone conformation,
   Bond length RMS Z-score,
   Bond angle RMS Z-score,
   Total number of bumps. 
   
   Показатель Z-score ухудшился(он стал ближе к нулю по значению) и Unsatisfied H-bond donors/acceptors.
   В Full WHAT_CHECK reports:  Error: Matthews Coefficient (Vm) very high