| Главная |
| Первый семестр |
| Второй семестр |
| Pymol |
Поверхность, гидрофобное взаимодействие, домены на примере пуринового репрессора 1PNR
поверхность контакта мономера белка(цепь A) с симметричным мономером (цепь D)на фоне остовной (ribbon) модели мономера;
поверхность контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлечённой в контакт;
поверхности контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной (sticks) модели двойной спирали.
Площадь контакта мономеров белка из упражнения 1 (Interface Accessible Surface Area (A^2)) 2576.97
Какая часть этой площади приходится на гидрофобные взаимодействия(% Non-Polar Atoms Contribution to Interface) 43.59%
Определим гидрофобные кластеры на интерфейсе мономеров исследуемого белка объёмом не менее 10 атомов.
CluD выдаёт нам файл со списком атомов, которые образуют гидрофобные кластеры. Из этого файла был получен скрипт для PyMOL, который красит все атомы из списка в жёлтый цвет. В результате работы скрипта получилось изображение поверхности контакта между белковыми мономерами. Полученные в CluD кластеры размечены разными цветами:
4. белок 1IHF
Методы DHcL PUU выделили два домена остальные 1.
белок 1PNR
Методы CATH pdp dp NCBI выделили три домена
Методы SCOP DHcL два домена
DDomain один.
Примеры:
Cath
puu
Cath
scope
| Главная | Второй Семестр |