Здесь будет эмблема,извините за недоработку

Третий семестр
Главная
Первый семестр
Второй семестр
Pymol

Пространственное выравнивание и совмещение

 Построим в PyMOL командой align три совмещения следующих структур: цепи A из записи 1HY0 и цепи A из записи 1I0A (согласно CATH). Цепь A записи 1HY0 содержит 3 домена ,цепь A записи 1I0A тоже содержит 3 домена Координаты доменов совпадают (27-123, 195-234; 124-194, 235-364, 437-463; 365-436). По первому домену (RMS = 0.371)(голубым 1hy0, красным 1ia0

По первому домену (RMS = 0.409)(голубым 1hy0, красным 1ia0

По первому домену (RMS = 0.527)(голубым 1hy0, красным 1ia0)

  •  Построим программой PDBeFOLD (она же SSM) структурное выравнивание цепи A из 1AKH и цепи A из 1W0T.
    Выравнивание

    По данному выравниванию с помощью сервиса Geometrical core найдем геометрическое ядро с порогом 2 Å.
    Pos. 1AKH_A 1W0T_A
    11 ALA83 LYS389
    12 PHE84 ASN390
    13 LEU85 LEU391
    15 GLU87 SER393
    28 LYS100 TRP403
    29 GLU101 SER404
    30 GLU102 LYS405
    31 VAL103 ILE406
    41 THR110 THR416
    42 PRO111 SER417
    43 LEU112 VAL418
    44 GLN113 MET419
    45 VAL114 LEU420
    46 ARG115 LYS421
    47 VAL116 ASP422
    48 TRP117 ARG423
    49 PHE118 TRP424
    50 ILE119 ARG425
    51 ASN120 THR426
    52 LYS121 MET427
    53 ARG122 LYS428
    54 MET123 LYS429
    55 ARG124 LEU430
    Совместим в PyMOL командой pair_fit структуры по CA-атомам, входящим в геометрическое ядро. (RMS = 0.865)(цепь A 1AKH покрашена в голубой цвет, цепь A 1W0T покрашена в зеленый) Множество атомов, относящихся к геометрическому ядру: 
    select b1, (resi 83-85,87,100-103,110-124) and 1akh and chain a
select b2, (resi 389-391,393,403-406,416-430) and 1w0t and chain a




    Сравним с результатом команды align на полных цепях.(RMSD = 3.231)



    Совмещены только концевые спирали. RMSD очень высоко. Выравнивание геометрических ядер дает гораздо более точные результаты, применяя pair_fit, а не align.
    • Главная Второй Семестр