Практикум 7.

1.Выбор белка

С помощью расширенного поиска на сайте UniProt я нашла записи о белках своей бактерии Erwinia amylovora CFBP1430, относящейся к семейству Erwiniaceae. Выбор белка проводился в базе данных UniProtKB по запросу:(organism_name:"Erwinia amylovora") AND (strain:CFBP1430) AND (existence:1). Мне выдало всего 8 результатов. Я выбрала белок Type III effector DspE (эффектор III типа DspE). Мой выбор обусловлен тем, что из всех белков моей бактерии, он был наиболее аннотированным (то есть имел Annotation score 5/5).

2. Информация о белке

Type III effector DspE (эффектор III типа DspE)

Этот консервативный эффектор участвует в индукции "впитывания воды" и гибели клеток хозяина, что способствует увеличению бактерий в зараженных тканях. Экспрессия в ооцитах Xenopus приводит к входящим и выходящим токам, проницаемости для воды, а также зависимому от осмолярности набуханию и разрыву ооцитов

источники:

1. Uniprot

2. PubMed

3. Кластеры похожих белков

1.Clusters.

По запросу O54581 на UniRef мной была найдена информация о кластерах. Самый большой из них UniRef50_O54581, в нем содержится 78 белков.

4. Поисковые запросы

Сначала я хотела посмотреть распространен ли этот белок среди организмов, по запросу (protein_name:"Type III effector DspE") мне выдало всего 2 результата: данный белок имеется только у разных штаммов вида Erwinia amylovora (CFBP1430, Ea273 ,Ea321, Ea1189, Ea27) и у бактерии Pectobacterium carotovorum (Erwinia carotovora), относящейся к тому же роду. Из чего можно сделать вывод, что скорее всего этот белок является отличительной чертой рода Erwinia. В целом на это намекает функция белка:)

Далее по запросу: (protein_name:"Type III effector DspE") AND (structure_3d:true) я выяснила, что для данного белка не получена 3d структура.

Читая про свой белок, я выяснила, что он сходен по последовательности, то есть принадлежит к семейству AvrE. Тогда я решила выяснить есть ли схожие по последовательности (с моим белком) белки в семействе Erwiniaceae. По запросу: (family:"AvrE family") AND (taxonomy_name:"Erwiniaceae ") я выяснила, что схожий белок (Type III effector WtsE) есть у бактерии Pantoea stewartii subsp. stewartii (Erwinia stewartii).

2.Запрос.