Практикум 9.

1.Глобальное парное выравнивание гомологичных белков.

Protein Name ID 1 ID 2 Score (%) Identity (%) Similarity Gaps Indels
Exodeoxyribonuclease 7 large subunit EX7L_ECOLI EX7L_BACSU 876.0 39.3% 59.6% 12 5
Argininosuccinate synthase ASSY_ECOLI ASSY_BACSU 369.5 25.6% 43.2% 94 20
L-asparaginase 1 ASPG1_ECOLI ASPG1_BACSU 441.5 32.2% 50.1% 35 13

Таблица 1. Глобальное выравнивание.

2.Локальное парное выравнивание гомологичных белков.

Protein Name ID 1 ID 2 Score (%) Identity (%) Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
Exodeoxyribonuclease 7 large subunit EX7L_ECOLI EX7L_BACSU 880.5 40.7% 61.6% 3 2 96.93% 98.21%
Argininosuccinate synthase ASSY_ECOLI ASSY_BACSU 375.5 28.4% 47.3% 56 17 91.72% 96.03%
L-asparaginase 1 ASPG1_ECOLI ASPG1_BACSU 442.5 32.9% 51.0% 26 11 100% 99.08%

Таблица 2. Локальное выравнивание.

3.Программы выравнивания неродственных белков.

Выравнивание ID 1 ID 2 Score (%) Identity (%) Similarity Gaps Indels
Needle ARAB_ECOLI AK3_BACSU 31.0 2.6% 3.8% 874 7
Water ARAB_ECOLI AK3_BACSU 49.0 20.4% 34.6% 98 18

Таблица 3. Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам.

Данное выравнивание свидетельствует, о том что анализируемые белки не являются гомологичными. Это можно понять по низкому весу выравнивания, большому количеству гэпов и низкому проценту идентичности и сходства.

4. Множественное выравнивание белков и импорт в Jalview.

Для выполнения следующего задания, я искала все белки, которые имеют мнемонику EX7L(Exodeoxyribonuclease 7 large subunit).Таких в Swiss-Prot нашлось 420. Случайным образом мной были выбраны:

1.EX7L_JANMA 2.EX7L_ALKMQ 3.EX7L_BACCN 4.EX7L_STAA1 5.EX7L_BACP2

Я создала файл в формате txt, затем в формате fasta с помощью команды seqret @ex7l.txt ex7l.fasta. Затем: muscle -in ex7l.fasta -out ex7l_alignment.fasta выполнила множественное выравнивание. Далее импортировала через sftp, открыла в Jalview и раскрасила колонки выравнивания по проценту идентичности (Percentage Identity).

Ссылка на файл с проектом.

Судя по множественному выравниванию, все выбранные белки гомологичны. Программа показала несколько достаточно длинных консервативных участков: 57-62 155-161 211-220 242-253 413-415. в целом белки схожи, так что их можно считать гомологичными.