Практикум 10.

1.Подбор бактерий.

Для этого практикума мной была выбрана бактерия вида Staphylococcus aureus, а конкретно штаммы :

  • Staphylococcus aureus strain 59621. Accession: NZ_AP024732.1
  • Staphylococcus aureus strain DG29. Accession: NZ_CP172432.1

    • Последовательности нашла на сайте NCBI (Staphylococcus aureus[Organism]) AND chromosome[Title] в RefSeq.

    Далее построила две карты локального сходства DotPlot для Megablast и BLASTN.

    2.Megablast

    1.DotPlot для Megablast по оси x-strain DG29, y-strain 59621.

    Первое, что сразу бросается в глаза это то, что были выбраны разные точки начала хромосом, мы видим два крупных участка вместо одной прямой.Также можно наблюдать две инверсии начало участков с инверсией отмечены красным.

    Далее на участках выделеных синим цветом можно увидеть делеции/инсерции.

    3. BLASTN

    2.DotPlot для BLASTN по оси x-strain DG29, y-strain 59621.

    DotPlot для Megablast и BLASTN отличаются тем, что на DotPlot для BLASTN можно увидеть больше шума, что связано с большей "чувствительностью" blastn(Highly similar sequences) в сравнении с Megablast.