Практикум 3.

Задание 1.

С помощью программы fiber пакета 3DNA были построены A-, B- и Z-формы дуплекса ДНК.

  • gatc-a.pdb
  • gatc-b.pdb
  • gatc-z.pdb
    • 1.A-форма.
    2.B-форма.
    3.Z-форма.

    Задание 2.

    Для этого задания я сравнила сгенерированную структуру b-ДНК с экспериментально полученной и рассмотрела основание T6: какие атомы обращены в сторону большой бородки, а какие - малой.

    1.В сторону большой бородки обращены атомы: C4,O4,C6,C5,C7,N3.

    2.В сторону малой: C2,O2,N1.

    1.Красным цветом обозначены атомы, смотрящие в сторону большой бороздки, синим - в сторону малой.
    Форма Тип спирали Шаг спирали (А) Число оснований на виток Ширина большой бороздки Ширина малой бороздки
    A правая 28.1 11 17.0(A:A10-B:A34) 9.6(A:A6-B:T27)
    B правая 33.8 10 17.9 (A:A6-B:T31) 11.7(A:A14-B:T31)
    Z левая 42.8 12 18.3(A:C6-B:C32) 7.2(A:G11-B:G33)

    Таблица 1. Характеристики разных форм ДНК на основе fiber моделей.

    Задание 3.

    Упр.2

    В качестве необходимой для задания тРНК была выбрана транспортная РНК 1GAX.

    Результаты были получены с помощью программ пакета 3DNA, программ - find_pair и analyze.

  • файл

    • 1.выдача файла.

    Координаты стеблей:

  • Первый стебель образован нуклеотидами: 901-907 и 965-971.
  • Второй: 948-952 и 964-960
  • Третий: 938-943 и 930-925
  • Четвертый: 910-913 и 924-921

    • Канонические пары:

    Канонические пары нуклеотидов, которые не входят в стебли, можно считать дополнительными стабилизирующими структурами:953U-957A, 914A-908U, 915G-947C, 916C-958G 918G-955C.

    Неканонические пары оснований в структуре тРНК:

    U-G(954-917),A-G(943-925).