В данном практикуме мной было проведено сравнение описания 1qrt.pdb
С помощью программы einverted из пакета EMBOSS, мне удалось найти инвертированные участки в нуклеотидных последовательностях и возможные комплементарные участки в последовательности исследуемой тРНК. Далее я сравнила их с описанием, полученным ранее с помощью find_pair.
Результаты представлены в таблице 1.
| Позиции в структуре (find_pair) | Результаты предсказания einverted | Результаты предсказания RNAfold | |
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | 5' 2-7 3' 5' 66-71 3' (6 пар) |
5' 1-7 3' 5' 71-65 3' |
5' 1-7 3' 5' 66-72 3' (7 пар) |
| D-стебель | 5' 10-12 3' 5' 23-25 3' (3 пары) |
- | 5' 10-12 3' 5' 22-24 3' (3 пары) |
| T-стебель | 5' 49-53 3' 5' 61-65 3' (5 пар) |
- | 5' 49-53 3' 5' 61-65 3' (5 пары) |
| Антикодоновый стебель | 5' 37-44 3' 5' 26-33 3' (8 пар) |
- | 5' 26-30 3' 5' 38-42 3' (5 пар) |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 22 | 15 | 20 |
Были заданы следующие множества атомов в 1KSX.pdb:
Множество атомов кислорода 2'-дезоксирибозы (set1)
Множество атомов кислорода в остатке фосфорной кислоты (set2)
Множество атомов азота в азотистых основаниях (set3)
С помощью PyMol была собрана информация о ДНК-белковых контактах в данной структуре.
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
|---|---|---|---|
| Остатками 2'-дезоксирибозы | 4 | 89 | 93 |
| Остатками фосфорной кислоты | 74 | 266 | 340 |
| Остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 0 | 59 | 59 |
| Остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 1 | 1 |
По рисунку 3 из упражнения 3, я поняла, что аминокислотный остаток с наибольшим числом контактов с ДНК - F182.
По моему мнению, аминокислотный остаток наиболее важный для распознавания последовательности ДНК - F162. Oн единственный имеет водородную связь непосредственно с азотистым основанием.
