Практикум 7.
Задание 1.
В качестве эукариотического организма я выбрала Калоеда-быка (лат. Onthophagus taurus.Этот жук (вид жуков-навозников рода калоеды (Onthophagus) семейства пластинчатоусые (Scarabaeidae)) интересен по многим причинам. необычен внешний вид этих жуков. Самцы носят довольно крупные рога (от которых жук получил своё название), которые используют в борьбе за самку. Несколько лет назад Onthophagus taurus назвали самым сильным насекомым в мире. Ученые из университетов Лондона и Западной Австралии провели опыты, в которых выяснили, что калоед-бык может удержать груз тяжелее собственного тела в 1141 раз. На территории Краснодарского края и Адыгеи этого жука можно встретить практически повсеместно. Геном состоит из 10 хромосом (гаплоидный).
Задание 2.
Запрос: сборку генома я искала по запросу Onthophagus taurus.
Количество найденных сборок: 3
Выбранная сборка: Otau_2.0 - референсная сборка c аннотацией в RefSeq.
| Assembly | GenBank | RefSeq | Genome size | Number of scaffolds | Number of contigs | Scaffold N50 | Scaffold L50 | Contig N50 | Contig L50 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Otau_2.0 | GCA_000648695.2 | GCF_000648695.1 | 267.1 Mb | 5,821 | 10,620 | 337.2 kb | 160 | 101.2 kb | 519 |
Таблица 1. Характеристики выбранной сборки.
Contig N50: это длина самого короткого контига, из контигов (минимального числа), где общая сумма длин составляет 50% от общего числа нуклеотидов в сборке.
Contig L50: наименьшее число контигов, в которых содержится 50% всех нуклеотидов сборки.Аналогично для Scaffold.
BUSCO показало очень высокое качество сборки.
Задание 3.
GCF_000648695.1_Otau_2.0_protein.faa - последовательность белков (FASTA)
GCF_000648695.1_Otau_2.0_genomic.fna - последовательность нуклеотидов ДНК (FASTA)
GCF_000648695.1_Otau_2.0_genomic.gbff - аннотированный геном