Практикум 2.

1.Филогенетическая реконструкция и сравнение деревьев.

Рис. 1 Филогенетическое дерево из практикума 1.
Рис. 2 Дерево, построенное программой Fastme с моделью p-distance.
Рис. 3 Дерево, построенное программой Fastme с моделью MtREV.
Рис. 4 Дерево, построенное программой IQtree с параметрами по умолчанию

Давайте сравним полученное программами филогенетическое дерево с деревом, построенным в практикуме 1 с помощью NCBI Taxonomy. Отличий вышло довольно много.

  • Fastme (p-distance, MtREV)

    • Программа выдала, что Caenorhabditis briggsae(CAEBR) находится близко к Albinaria caerulea(ALBCA), однако судя по таксономии они относятся к разным кладам: Ecdysozoa(Линяющие) и Spiralia(Спиральные). Причем ALBCA относится к типу Mollusca, как MYTED и HETBL, также программа объединила вместе LOXAA и HETBL, хотя они относятся к разным типам. Скорее всего такие сильные различия связанны с самим алгоритмом программы, основанном на 'balanced minimum evolution'

  • IQtree с параметрами по умолчанию

    • Тут все примерно также, за исключением того, что программа объединила вместе Myzostoma seymourcollegiorum(MYZSE) и Heterololigo bleekeri(HETBL), судя по таксономии они относятся к одной кладе - Lophotrochozoa, однако к разным типам.