1.Сравнение предсказаний трансмембранных участков в бета-листовом белке.
Для этого задания я выбрала следующий белок:
Name: Phospholipase A1, Фосфолипаза А1 внешней мембраны, димер
PDB: 1qd6
Uniprot: PA1_ECOLI
Organism: Escherichia coli (strain K12)
Function: Имеет широкую субстратную специфичность, включая гидролиз фосфатидилхолина с активностью фосфолипазы A2 (EC 3.1.1.4) и фосфолипазы A1 (EC 3.1.1.32). Сильная экспрессия приводит к разрушению внешней мембраны и гибели клетки; находится в состоянии покоя в нормальных растущих клетках. Требуется для эффективной секреции бактериоцинов.
Рис. 1Структура белка 1qd6 из PDB.
Рис. 2Структура димера 1qd6 из базы данных OPM (красные кружочки - внеклеточная среда, синие - периплазма).
Координаты трансмембранных участков белка одинаковые для двух субъединиц (D,C):TM segments: 1(38-43),2(67-78),3(87-96),4(113-122),5(135-143),6(155-164),7(169-179),8(195-201),9(206-215),10(221-232),11(235-243),12(259-264)
Рис. 3Графическое изображение результатов DeepTMHMM для 1qd6.
В целом красным цветом показаны трансмембранные участки(β-сегменты), синим участки в наружной среде, зеленым участки в периплазматическом пространстве, а оранжевым сигнальная последовательность. На верхнем рисунке изображена наиболее вероятная топология белка. На нижнем вероятности топологий. Количество бета-листов, предсказанное DeepTMHMM, совпадает с количеством, указанным на сайте OPM, однако координаты отличаются. Пример схожих координат:
OPM:3(87-96) DeepTMHMM: 2(87-98)
OPM:5(135-143) DeepTMHMM: 4(133-142)
OPM:6(155-164) DeepTMHMM: 5(155-163)
OPM:10(221-232) DeepTMHMM: 9(225-233)
Видно, что все участки съехали в сторону C-конца, Это связано с тем, что в OPM использовалась последовательность (240) из PDB-структуры, а для DeepTMHMM я взяла последовательность из uniprot(289), включающую N-концевую сигнальную последовательность (20Ак).
Рис. 6Графическое изображение результатов DeepTMHMM для 5xls.
Ситуация схожа с 1 заданием количество альфа-спиралей совпадает с количеством, указанным на сайте OPM, но координаты не совсем. Пример схожих координат:
