Практикум 7.

1.Сравнение предсказаний трансмембранных участков в бета-листовом белке.

Для этого задания я выбрала следующий белок:

  • Name: Phospholipase A1, Фосфолипаза А1 внешней мембраны, димер
  • PDB: 1qd6
  • Uniprot: PA1_ECOLI
  • Organism: Escherichia coli (strain K12)
  • Function: Имеет широкую субстратную специфичность, включая гидролиз фосфатидилхолина с активностью фосфолипазы A2 (EC 3.1.1.4) и фосфолипазы A1 (EC 3.1.1.32). Сильная экспрессия приводит к разрушению внешней мембраны и гибели клетки; находится в состоянии покоя в нормальных растущих клетках. Требуется для эффективной секреции бактериоцинов.
    • Рис. 1Структура белка 1qd6 из PDB.
    Рис. 2Структура димера 1qd6 из базы данных OPM.

    Координаты трансмембранных участков белка одинаковые для двух субЪудиниц(D,C):TM segments: 1(38-43),2(67-78),3(87-96),4(113-122),5(135-143),6(155-164),7(169-179),8(195-201),9(206-215),10(221-232),11(235-243),12(259-264)

    Последовательность белка с UniProt

    Рис. 3Графическое изображение результатов DeepTMHMM для 1qd6.

    На верхнем рисунке изображена наиболее вероятная топология белка. На нижнем вероятности топологий. Количество бета-листов, предсказанное DeepTMHMM, совпадает с количеством, указанным на сайте OPM, однако координаты отличаются. Пример схожих координат:

  • OPM:3(87-96) DeepTMHMM: 2(87-98)
  • OPM:5(135-143) DeepTMHMM: 4(133-142)
  • OPM:6(155-164) DeepTMHMM: 5(155-163)
  • OPM:10(221-232) DeepTMHMM: 9(225-233)

    • Видно, что участки будто съехали, думаю это связано с разной длиной последовательностей на uniprot и opm

    Текстовый файл с результатами

    2. Сравнение предсказаний трансмембранных участков в альфа-спиральном белке.

    Для этого задания мне дали следующий белок:

  • Name: Uracil permease UraA, occluded state, Урацилпермеаза
  • PDB: 5xls
  • Uniprot: URAA_ECO57
  • Organism: Escherichia coli O157:H7
  • Function: Транспорт урацила в клетке.
    • Рис. 4Структура белка 5xls из базы данных OPM.

    Координаты трансмембранных участков белка одинаковые для двух субЪудиниц(A,B): TM segments: 1( 14- 39), 2( 43- 61), 3( 73- 82), 4( 89- 108), 5( 123- 144), 6( 158- 175), 7( 180- 199), 8( 226- 249), 9( 263- 280),10(289-298),11( 304- 318),12( 336- 354),13( 363- 377),14( 392- 409)

    Последовательность белка с UniProt

    Рис. 5Графическое изображение результатов DeepTMHMM для 5xls.

    Ситуация схожа с 1 заданием количество альфа-спиралей совпадает с количеством, указанным на сайте OPM, но координаты не совсем. Пример схожих координат:

  • OPM:2(43-61) DeepTMHMM: 3(43-58)
  • OPM:3(73-82) DeepTMHMM: 4(66-81)
  • OPM:5(123-144) DeepTMHMM: 5(124-141)
  • OPM:6(158-175) DeepTMHMM: 6(158-175)
  • OPM: 9(263- 280) DeepTMHMM: 9(264-279)
  • OPM: 10(289-298) DeepTMHMM: 10(282-297)
  • OPM: 12(336-354) DeepTMHMM: 12(332-350)
  • OPM: 14(392-409) DeepTMHMM: 14(390-408)

    • Текстовый файл с результатами