Занятие 12. Выравнивание последовательностей белков на основе их пространственной структуры.
Построение выравнивания, согласованного с пространственным наложением последовательностей.
- Для построения выравнивания были предложены участки 149-200:A, 155-204:B, 148-208:C, 151-200:D
Рис. 1. Пространственная структура наложенных участков поринов. Рисунок RasWin, файл Porins_6.ent.
Рис. 2. Выравнивание последовательностей участков белков-поринов, составленное на основе их пространственной структуры. Буква"А" под выравниванием означает, что позиция выравнена.
Построение автоматического выравнивания.
- Автоматическое выравнивание построено с помощью команды
muscle -in Porins_6.fasta -out por.fasta
Рис. 3. Автоматическое выравнивание.
- Автоматическое выравнивание, построенное с помощью программы muscle отличается от ручного большим количеством консервативных позиций.
Это связано с алгоритмом программы, т.е. она строит выравнивание так, чтобы консервативных позиций было максимум.
В ручном выравнивании, в отличие от автоматического есть гэп после 14 остатка впоследовательности С длиной
11 остатков. В последовательности D гэп после 21 остатка длиной 17, тогда как
в автоматическом выравнивании в этом участке гэпов нет. Также в ручном выравнивании
в конце последовательности (позиция 67) D есть гэп длиной 3, тогда как в автоматическом
его нет, но есть 3 гэпа одинаковой длины(5) у последовательностей A,B,C начиная с
позиции 64.
Сходное выравниватие есть со 2 по 6 позиции и с 34 по 44.
© Лукин Сергей