Занятие 3. Филогенетические деревья

Этапы работы:

1. Программой fseqboot создали 100 бутстреп-реплик выравнивания:

fseqboot listya.fasta -auto выходной файл - listya.fseqboot

2. Полученные 100 выравниваний поданы на вход программе fdnaml. В выходном файле listya.treefile оказалось 100 скобочных формул, соответствующих реконструкциям, сделанным по каждому из выравниваний.

3. Программа fconsense. Результат бутстреп-анализа искусственных мутантов KPYK1_ECOLI в виде дерева:

                       +------b               
                +-91.0-|
         +-54.0-|      +------c
         |      |
  +------|      +-------------a
  |      |
  |      |             +------d
  |      +--------73.0-|
  |                    +------e
  |
  +---------------------------f

 
Консенсусное дерево по топологии совпало с реальным деревом судя по 
сравнению описания её топологии:      с описанием топологии реального дерева:        
        A B C D E F                        A B C D E F
        . . . * * .                        . . . * * .
        . . . * * *                        . . . * * *
        * . . * * *                        * . . * * *
        

2. Изображение филогенетического дерева в графическом формате
С помощью программы fdrawtree было построено изображение дерево. Источником для построения 
служила скобочная формула (А:110,((B:20,C:20):20,((D:20,E:20):5,F:25):15):60).

Невооруженным глазом видно, что расстояния ветвей соответствуют таковым в скобочной формуле. 
Корень дерева программа не выделяет. 

Вывод:
Программа fconsense, судя по бутстреп-значениям в выдаче, достоверно 
находит ветвь bc и хорошо - ветвь de. Ветвь abc находится с вероятностью около 1/2. 




©   Лукин Сергей­