EMBOSS: infoseq

EMBOSS (The European Molecular Biology Open Software Suite) - это бесплатный пакет программ по биоинформатике. Infoseq - одна из программ пакета EMBOSS, с помощью которой можно избирательно получить общую информацию о последовательности от одной из биологических БД (таких как SwissProt, например). На экране можно отобразить название, длину, тип (ДНК или протеин), процентное содержание пар C+G, описание и код последовательности в EMBOSS (Uniform Sequence Address, USA).

Основные опции:

Параметры выводного потока. Infoseq может выводить только нужный Вам тип данных. Для этого есть два основных инструмента: -no[parameter] и -only -[parameter]. Пример: записи "-nolength -noorganism -nodesc -notype -nodatabase -noaccesssion -nopgc" и "-only -name -usa" тождественны для одной последовательности. Параметры:

-[no]colums     По умолчанию [Y]. [N] (отрицание) выводит данные, не организованные в таблицу.

-[no]headings     По умолчанию [Y]. [N] убирает подписи столбцов.

-usa     tembl-id:X13776

-length     2167

-name     X13776

-accession     X13776

-type     N

-database     tembl

-pgc     66.54

-description     Pseudomonas aeruginosa amiC and amiR gene for aliphatic amidase regulation

Допольнительные опции:

• -html     Вывод данных в формате HTML таблицы.
• -outfile     !!!!!!!!!!!!!