В табл. 1 представлен результат поиска в PSI-BLAST по белку с ID Q04719. После третей итеррации поиск был завершен, поскольку результат в "хорошем" блоке не прибавилось новых последовательностей.
| Номер итерации | Число находок выше порога (0,005) | Идентификатор худшей находки выше порога | E-value этой находки | Идентификатор лучшей находки ниже порога | E-value этой находки |
| 1 | 38 | YP_001257085.1 | 0.005 | XP_002617975.1 | 0.019 |
| 2 | 51 | YP_003429444.1 | 3e-13 | XP_004356681.1 | 0.088 |
| 3 | 51 | YP_006908640.1 | 3e-51 | XP_003436169.1 | 0.16 |
Табл. 1. Результаты трех итерраций в PSI-BLAST.
Далее мною было получено множественное выравнивание найденных последовательностей. Вот ссылки на неисправленное и исправленное множественные выравнивания. Из исправленного выравнивания были удалены последовательности, представляющие собой фрагменты белков без некоторой части начального участка последовательности.