С помощью поисковой системы SRS в БД SwissProt мною были почерпнуты сведения о биохимических сруктурных особенностях белка QUEC_BACSU. Вот записи трех из них:
ID QUEC_BACSU_2; parent: QUEC_BACSU
FT NP_BIND 10 20 ATP.
SQ Sequence 11 AA;
FSGGQDSTTC L
//
ID QUEC_BACSU_8; parent: QUEC_BACSU
FT HELIX 14 26
SQ Sequence 13 AA;
QDSTTCLLWA LKE
//
ID QUEC_BACSU_19; parent: QUEC_BACSU
FT TURN 157 160
SQ Sequence 4 AA;
PLMW
//
Здесь описаны соответственно: участок, связывающий АТФ; участок, образующий альфа-спираль; участок,отвечающий повроту цепи.
Далее мною было получено описание записей БД PDB трехмерных структур, относящихся к белку (нашлась только одна статья). Вот оно:
PDB:3BL5 CRYSTAL STRUCTURE OF QUEC FROM BACILLUS SUBTILIS: AN ENZYME
INVOLVED IN PREQ1 BIOSYNTHESIS MOL_ID: 1; MOLECULE: QUEUOSINE BIOSYNTHESIS PROTEIN QUEC;
CHAIN: A, B, C, D, E, F; EC: 3.5.-.-; EXPRESSION_SYSTEM_PLASMID: PLM1 ENGINEERED: YES MOL_ID: 1;
ORGANISM_SCIENTIFIC: BACILLUS SUBTILIS; GENE: QUEC, YKVJ; EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI;
EXPRESSION_SYSTEM_STRAIN: BL21(DE3); EXPRESSION_SYSTEM_VECTOR_TYPE: PLASMID;
PREQ1 BIOSYNTHESIS, RNA MODIFICATION, TRNA, HYDROLASE, QUEUOSINE BIOSYNTHESIS N.CICMIL,R.H.HUANG
При помощи SRS среди белков из Firmicutes мною были найдены белки с сходной функцией. Результаты представлены в табл.1:
| Формулировка функции белка | Строка запроса | Количество найденных документов |
| Purine metabolism | (([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ([swissprot-Comment:Purine*] > parent )) & ([swissprot-Comment:metabolism*] > parent )) | 1697 |
| Queuosine biosynthesis | (([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & [swissprot-Description:Queuosine*]) & [swissprot-Description:biosynthesis*]) | 207 |
| 7-carboxy-7-carbaguanine biosynthesis | (([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ([swissprot-Comment:7-carboxy-7-carbaguanine*] > parent )) & ([swissprot-Comment:biosynthesis*] > parent )) | 74 |
| Catalyzes the ATP-dependent conversion | ((([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ([swissprot-Comment:Catalyzes*] > parent )) & ([swissprot-Comment:ATP-dependent*] > parent )) & ([swissprot-Comment:conversion*] > parent )) | 86 |
Табл. 1. Результаты поиска функционально сходных белков из Firmicutes.
Десять похожих на QUEC_BACSU последовательностей белков были сохранены в файле.
Также был создан список десяти последовательностей, где указаны ID, AC, организм, длина последовательности и описание (desc). (Ссылка)