Выравниание белка с мутантными участками, созданными evolve.protein

При помощи evolve.protein на основе белка QUEC_BACSU были созданы три мутантных участка длинной в 20 аминокислот (представлены в выравнивании). На рис. 1 представлено выравнивание этих участков с белком.

Выравнивание в .fasta

Рассчет Identity, Similarity и веса по BLOSUM62 для выравниваний:

	  1. change=0.6; replace=0.6; 
      Identity=6/20*100%=30%
      Similarity=8/20*100%=40%
      BLOSUM62: 6-3-1+1-1+0-4+5-4+6-4+4-4+4-2+0-2-2-2-4+6=-1
      2. change=0.6; replace=0.8;
      Identity=10/20*100%=50%
      Similarity=12/20*100%=60%
      BLOSUM62: -2+0+5+4+4-2-4+6+4+6+0-1-3+4-2+5+9+2+4-2-1=36
      3. change=0.4; replace=0.8;
      Identity=14/20*100%=70%
      Similarity=14/20*100%=70%
      BLOSUM62: 6+8+4-1-4+5+4-3+4+6+5-4+4-1-2+4+4+5+5+6-1=54 
	

Работа алгоритма зависит от двух параметров: change и replace. Change - это вероятность того, что остаток будет как либо изменен (заменен, элиминирован). Replace - это вероятность замены остатка на другой.

Также видно, что величины показателей, по которым оценивались выравнивания (identity и др.) растут вместе.

Выравнивание белка с его ортологами

Выравнивание выполнено при помощи Muscle. Ортологи QUEC_BACSU: QUEC_BACLD и B0VCW5. Проект .jar с выравниваниями.