Сравнение матриц аминокислотных замен

Это подраздел посвящен сравнению трех матриц аминокислотных замен: BLOSUM62, PHAT_T75_B73 и матрицу, восстановленную по частотам аминокислотных замен (Sij). Я сравнивал величины замен аспарагина (Asn) в этих трех таблицах. Данные для сравнения приведены в таблице 1.

Как видно из таблицы, значение для замены аспарагина на самого себя одинаково для BLOSUM62 и Sij, которое меньше, чем для PHAT_T75_B73. ВОзможно, это можно объянить тем, что спарагин - заряженная кислоты, которая не участвует в заякоривании мембранного белка в мембране вследствие своей гидрофильности и потому реже попадает в кластеры, которые образуются в основном в этих типичных для мембранных белков участках.

При замене на другие полярные незаряженные аминокислоты (Gln, Thr, Cys, Ser) значения в трех таблицах близки. Вновь выделяется PHAT, хотя и не очень тенденциозно. Логично предположить, что из-за близости этих аминокислот по природе радикала причиной расхождения может быть та же, что и в первом случае.

Также можно подумать, что вес замены по модулю будет выше у PHAT и с аминокислотами с радикалами другой природы (особенно с гидрофобными). Однако это не всегда так. Во всех случаях разница может быть основана на разных начальных данных (ведь рассматриваются разные белки как минимум в случае BLOSUM и PHAT).

Матрицы весов аминокислотных замен PHAT и BLOSUM62 созданы для разных типов белков. Первая - для мембранных белков, вторая - для всех остальных. Число 62 в названии матрицы BLOSUM обозначает порог кластеризаци - значение identity для участка выравнивания, начиная с которого этот участок считается кластером.

Третья матрица была сделана на основе данных о частотах аминокислотных замен в последней версии BLOCKS с порогом кластеризации 62%.