Поиск гипотетических гомологов QUEC_BACSU в разных банках

Результаты поиска представлены в таблице 1.

	Поиск по Swiss-Prot	Поиск по PDB	Поиск по "nr"
1. Лучшая находка (с последовательностью исходного белка)
Accession	O31675.1	NP_389255.1	3BL5_A
E-value	3e-164	3e-165	2e-162
Вес (в битах)	459	459	459
Процент идентичности	100%	100%	100%
2. Число находок с E-value < 10–10	415	2	2819
3. "Худшая из удовлетворительных" находка (последняя в выдаче с E-value < 1)
Номер находки в списке описаний	562	8	3232
Accession	Q30SP2.1	2E18 A	YP_001736917.1
E-value	0,95	0.78	1,0
Вес (в битах)	33,5	30,4	38,5
% идентичности	29%	29%	31%
% сходства	53%	52%	58%
Длина выравнивания	341	257	260
Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке)	В запросе: 4-120; в находке: 3-118	В запросе: 6-64; в находке: 25-83	В запросе: 3-69; в находке: 13-80
Число гэпов	121	59	68

Табл. 1. Результаты поиска гипотетических гомологов в разных банках.

Исходный белок был найден во всех БД.
Больше всего явных гомологов было найдено в nr, поскольку эта БД включает в себя много источников, в т.ч., надо полагать, и Swiss-Prot с PDB.
Количество находок зависело от максимального e-value, которое я выставлял сам. Количество находок отражено в таблице.

Поиск гипотетических гомологов изучаемого белка с фильтром по таксонам

Для эукариот хитов не было (для е-value меньше 0,001). Первый гомолог был встречен в филуме Actinobacteria.

Таксон	Actinobacteria
Accession	Q2J7K8.1
E-value	3e-40
Вес (в битах)	139
% идентичности	37%
% сходства	52%
Длина выравнивания	236
Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке)	В запросе: 2-213; в находке: 13-230
Число гэпов	12

Таблица 2. Гомолог из таксона наивысшего порядка, не содержащего при этом вид.

BLAST двух последовательностей

На рис. 1 показано выравнивание QUEC_BACSU и его гомолога Q2J7K8. Выравнивание в .fasta:

>gi|110816226|sp|Q2J7K8.1|QUEC_FRASC/1-236 
MNPTRGAVGGTDPRPAAVVLLSGGLDSATVLAIANQQGFACHALSFRYGQRHEVELAAARRVASALGVVRHV
VVDIDLGVFGGSALTDPTIAVPAAGTAEEIPVTYVPARNTIFLSFGLALAETAGAWDVFIGASSVDYSGYPD
CRPEYLAAYQAMANLATKATVSGERTLSVHAPLMHLSKADTIRLGLSLG-VDY--GLTHSCYDPGPDGRPCG
RCDSCSLRERGFTEVGVPDPAGG
>gi|81341924|sp|O31675.1|QUEC_BACSU/1-219 
-----------MKKEKAIVVFSGGQDSTTCLLWALKEFEEVETVTFHYNQRHSQEVEVAKSIAEKLGVKNHL
LDMSLLNQLAPNALTRNDIEIEV--KDGELPSTFVPGRNLVFLSFASILAYQIGARHIITGVCETDFSGYPD
CRDEFVKSCNVTVNLAM------EKPFVIHTPLMWLNKAETWKLADELGALDFVKNNTLTCYN-GIIADGCG
ECPACHLRSKGYEEYMVMKGERA

На рис. 2 и 3 представлены карты локального сходства Q2J7K8 и QUEC_BACSU.