В банке RefSeq DNA (release) средствами SRS были найдены хромосомы Saccharomyces cerevisiae.
REFSEQ_DNA:NC_001133 NC_001133 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome I, complete sequence. 230218 REFSEQ_DNA:NC_001134 NC_001134 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome II, complete sequence. 813184 REFSEQ_DNA:NC_001135 NC_001135 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome III, complete sequence. 316620 REFSEQ_DNA:NC_001136 NC_001136 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence. 1531933 REFSEQ_DNA:NC_001137 NC_001137 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome V, complete sequence. 576874 REFSEQ_DNA:NC_001138 NC_001138 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VI, complete sequence. 270161 REFSEQ_DNA:NC_001139 NC_001139 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VII, complete sequence. 1090940 REFSEQ_DNA:NC_001140 NC_001140 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VIII, complete sequence. 562643 REFSEQ_DNA:NC_001141 NC_001141 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IX, complete sequence. 439888 REFSEQ_DNA:NC_001142 NC_001142 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome X, complete sequence. 745751 REFSEQ_DNA:NC_001143 NC_001143 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XI, complete sequence. 666816 REFSEQ_DNA:NC_001144 NC_001144 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XII, complete sequence. 1078177 REFSEQ_DNA:NC_001145 NC_001145 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence. 924431 REFSEQ_DNA:NC_001146 NC_001146 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIV, complete sequence. 784333 REFSEQ_DNA:NC_001147 NC_001147 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XV, complete sequence. 1091291 REFSEQ_DNA:NC_001148 NC_001148 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XVI, complete sequence. 948066Рассматривалась XIV хромосома. Ее длина 784333 пар, в ней содержится 418 генов и 14 тРНК. Вот примеры 4 генов, находящихся на ней:
Для белка с Uniprot AC O31675 было получено EMBL AC AL009126; CAB13245.1 при помощи пакета emboss последовательными командами
entret sw:O31675 grep EMBL quec_bacsu.entret
Далее с помощью команды
entret embl:CAB13245.1был получен файл с полной записью EMBL. В нем был найден ген gene="queC" и определены границы кодирующего участка ("CDS"): 1439448..1440107. После этого с помошью команды seqret c параметром -sask была получена нуклеотидная последовательность QUEC:
>CAB13245 CAB13245.1 Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 pre-queuosine 0 synthase atgaaaaaagaaaaagcaattgtcgtatttagcggcggtcaagacagcacaacatgctta ctgtgggccttaaaagaattcgaagaagtcgaaacggtgacttttcattataatcagcga cattcgcaggaagttgaagtggcaaaatccattgcggaaaagcttggtgtgaaaaatcat ttgcttgatatgtcacttttaaatcagcttgcaccgaatgccctgactagaaatgatatt gagatagaagtaaaagacggcgaactgccatccacattcgttccaggccgcaatttggta ttcttatcctttgcgtctatcctggcttaccaaattggcgcgcgccacattattacagga gtttgcgagacagacttcagtggttatcctgactgccgtgacgaattcgtgaaatcttgc aatgtcacggtaaatctggcaatggagaagccgtttgtgatccacacgcctctcatgtgg ctcaataaggcggaaacgtggaagcttgcagatgagcttggcgcgctggattttgtgaaa aacaacacgctgacatgctataacggcatcatcgcagacggctgcggcgaatgtccggca tgtcaccttcgttcaaaaggttatgaagaatatatggtgatgaaaggagagcgtgcataa