С помощью megablast был произведен поиск 300-нуклеотидного фрагмента ДНК. Заданный фрагмент принадлежит к Pyrobaculum aerophilum str. IM2, имеет AC AE009441, имеет координаты 1145-1444 и в большей своей части является кодирующим.
Мной был выбран белок LCK_HUMAN. Вот его последовательность:
MGCGCSSHPEDDWMENIDVCENCHYPIVPLDGKGTLLIRNGSEVRDPLVTYEGSNPPASP LQDNLVIALHSYEPSHDGDLGFEKGEQLRILEQSGEWWKAQSLTTGQEGFIPFNFVAKAN SLEPEPWFFKNLSRKDAERQLLAPGNTHGSFLIRESESTAGSFSLSVRDFDQNQGEVVKH YKIRNLDNGGFYISPRITFPGLHELVRHYTNASDGLCTRLSRPCQTQKPQKPWWEDEWEV PRETLKLVERLGAGQFGEVWMGYYNGHTKVAVKSLKQGSMSPDAFLAEANLMKQLQHQRL VRLYAVVTQEPIYIITEYMENGSLVDFLKTPSGIKLTINKLLDMAAQIAEGMAFIEERNY IHRDLRAANILVSDTLSCKIADFGLARLIEDNEYTAREGAKFPIKWTAPEAINYGTFTIK SDVWSFGILLTEIVTHGRIPYPGMTNPEVIQNLERGYRMVRPDNCPEELYQLMRLCWKER PEDRPTFDYLRSVLEDFFTATEGQYQPQP
Для этой последовательности программой ENA было найдено 79 гомологичных среди Loxodonta africana с лучшим e-value 3E-297. Вот другие данные по выравниванию:
С помощью SRS был определен AC записи, описывающей геном Brevibacillus_brevis: NZ_AKYF01000010
Последовательность я скачал вручную с сайта SRS.
CDS длz одной из тРНК: 2093..2183
Командой
seqret whole_genome.fasta trna.fasta -saskбыла получена последовательность этой тРНК.
Бактерия относится к порядку Bacillales. Поиск по трем алгоритмам этой последовательности показал следующие реpультаты: megablast - 67, nblast - 20, nblast с параметрами - 8.
Эти числа отражают изменение строгости алгоритмов поиска.