UCSC
В UCSC был произведен поиск LCK_HUMAN.
Некоторые данные о белке: полученные при помощи UCSC:
- короткое и полное имя гена: Homo sapiens lymphocyte-specific protein tyrosine kinase (LCK), transcript variant 1, mRNA;
- на какой цепи он закодирован: на прямой
- в какой хромосоме находится: 1
- к каким плечу и полосе принадлежит участок: chr1 (p35.1)
- координаты гена в последовательности хромосомы: 32,739,712-32,751,766
- сколько альтернативных продуктов закодировано в гене: ген кодирует только один продукт: белок, состоящий из 13 экзонов. b) Сохраните картинку окрестности гена из Genome Browser c треками:
- гены USCS и RefSeq (USCS Genes и RefSeq Genes):
- метилирование ДНК (ENC_DNA_Methylation):
- консервативность последовательности среди млекопитающих (Conservation):
- полиморфизмы (Common SNPs).
Следующая картинка получена с поставленными на dense треками: гены USCS и RefSeq (USCS Genes и RefSeq Genes),
метилирование ДНК (ENC_DNA_Methylation),
консервативность последовательности среди млекопитающих (Conservation),
полиморфизмы (Common SNPs).
Рис. 1. Окрестность гена из Genome Browser с перечисленными выше треками. Ensembl
Выравнивание LCK шимпанзе и человека, созданное в Ensembl. По этому выравниванию \ командой (был выбран метод 0: Uncorrected)
distmat hum_chimp.fasta.txt
было произведено вычисление степени сходства последовательностей гена LCK человека и шимпанзе: 0,97. Поскольку степень сходства, равная единице, обозначает абсолютную идентичность последовательностей, 0,97 - это довольно-таки большой показатель. Гены LCK человека и шимпанзе очень похожи.Полиморфизмов у гена много, о чем свидетельсвует следующая картинка:
Рис. 1. Таблица полиморфизмов.