ДНК и белок

Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

С помощью команды define были названы наборы атомов и затем составлен скрипт, попоследовательно показывающий:

1. Всю структуру в проволочной модели
2. Только ДНК в проволочной модели
3. Множество атомов кислорода 2'-дезоксирибозы
4. Множество атомов кислорода в остатке фосфорной кислоты
5. Множество атомов азота в азотистых основаниях

После этого были выявлены ДНК-белковые контакты. Результаты работы представлены в табл. 1. скрипт

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	4	67	71
остатками фосфорной кислоты	74	266	340
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	0	59	59
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	2	2

Nucplot

Изображение ДНК-белковых контактов представлено на рис. 1.

Предсказание вторичной структуры заданной тРНК

Предсказание вторичной структуры тРНК путем поиска инвертированных повторов

Einverted.

Комнда была запущена с параметрами: Gap penalty: -5; Minimum score threshold: 20; Mismatch penalty: -10; Match score: 10.

Результат:

 SEQUENCE: Score 21: 7/7 (100%) matches, 0 gaps
       1 tggggta 7       
         |||||||
      71 accccat 65 

Далее программой mfold был запущен алгоритм Зукера.

Вот результат mfold:

В табл. 1 сведены данные, полученные тремя разными способами.

Участок структуры / Способ определения	Позиции в структуре (по результатам find_pair)	Результаты предсказания с помощью einverted	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	2-6=67-71; 7 пар	7 из 5	7 пар из 7
D-стебель	10-12=23-25 3 пары	0	3 пары
T-стебель	49-52=62-65; 4 пары	0	9 пар из 4
Антикодоновый стебель	39-43=27-31; 5 пар	0	0
Общее число канонических пар нуклеотидов	17	7	19

Табл. 1.