Было выделено подсемейство семейства PF12019 из белков таксона Gammaproteobacteria с архитектурой N_methyl(PF13544), GspH (PF12019). Было получено выравнивание последовательностей, вошедших в подсемейство. По нему при помощи hmm2build был построен профиль. Программой hmm2calibrate профиль был откалиброван.
Были получены последовательности белков, содержащие два изучаемых домена: (fasta). Был создан "золотой стандарт": .fasta По ним созданным профилем был произведен поиск hmmsearch (e-value=1e-10). Результат поиска.
Вычисленные параметры:
Это хорошие показатели для профиля.