Филогенетисекие деревья
Таксономия выбранных бактерий
| Название | Мнемоника | Тип | Класс | Отряд | Семейство |
| Clostridium tetani | CLOTE | Firmicutes | Clostridia | Clostridiales | Clostridiaceae |
| Bacillus anthracis | BACAN | Firmicutes | Bacilli | Bacillales | Bacillaceae |
| Lactobacillus acidophilus | LACAC | Firmicutes | Bacilli | Lactobacillales | Lactobacillaceae |
| Geobacillus kaustophilus | GEOKA | Firmicutes | Bacilli | Bacillales | Bacillaceae |
| Staphylococcus epidermidis | STAES | Firmicutes | Bacilli | Bacillales | Staphylococcaceae |
| Streptococcus pneumoniae | STRPN | Firmicutes | Bacilli | Lactobacillales | Streptococcaceae |
| Finegoldia magna | FINM2 | Firmicutes | Clostridia | Clostridiales | Clostridiales Family XI. Incertae Sedis |
Табл. 1. Таксономия выбранных видов.
На рис. 1 представлено филогенетическое дерево с подписанными в соответствии с табл. 1 ветвями.
Выравнивание белков семейства PTH выбранных семи видов было выполнено программой MUSCLE и визуализировано с помощью Jalview.
На основании выравнивания при помощи JalView было построено четыре филогенетических дерева, представленных ниже:
-
(1)Neibour Joining Using BLOSUM62. -
(2)Neibour Joining Using % Identity -
(3)Average Distance Using BLOSUM62 -
(4)Average Distance Using % Identity
!Номера деревьев подписаны в скобках
| . | 4 и 2 (одинаковые между собой деревья) | Дерево 1 | Дерево 3 |
| Есть только на правильном | {CLOTE,FINM2}против{STAES,GEOKA,LACAC,STRPN,BACAN} | - | {LACAC,STRPN}против{STAES,GEOKA,CLOTE,FINM2,BACAN} и {CLOTE,FINM2}против{STAES,GEOKA,LACAC,STRPN,BACAN} |
| Есть только на полученном | {STAES,GEOKA,BACAN,CLOTE}против{LACAC,STRPN,FINM2} | - | {LACAC,FINM2}против{CLOTE,STAES,GEOKA,STRPN,BACAN} и {STRPN,STAES,GEOKA,BACAN}против{LACAC,CLOTE,FINM2} |
Укоренение
Построенное на основании выравнивания методом Maximum Likehood дерево было укорено в ветвь {CLOTE,FINM2}против{STAES,GEOKA,LACAC,STRPN,BACAN}. Результат представлен на картинке ниже.
При таком укоренении дерево не отличается от правильного.