Укоренение в среднюю точку

С помощью программы retree было произведено укоренение дерева, полученного в предыдущем задании, в среднюю точку. Результат представлен на картинке снизу.

Укоренение произошло в ветвь {CLOTE,FINM2}против{STAES,GEOKA,LACAC,STRPN,BACAN}. Дерево соответствует оригинальному.

Использование внешней группы

Для укоренения дерева, прстроенного методом Maximum parsinomy, к изначальному выравниванию была добавлена последовательность того же белка E. coli, которая использовалась в качестве внешней группы для укоренения, изображенного на рисунке ниже.

Укорененное таким образом дерево плохо воспроизводит оригиальное, они имеют две общих ветви: {STAES,GEOKA,BACAN}против{LACAC,STRPN,CLOTE,FINM2} и {BACAN,GEOKA}против{LACAC,STRPN,CLOTE,FINM2,STAES}.

Бутстрэп

Использование бутстрэп-анализа (метод: Maximum Likehood, число реплик = 100) дало следующий результат:

Полученное дерево не отличается от оргинального:

Правильное дерево получается из полученных переукоренением в ветвь {CLOTE,FINM2}против{STAES,GEOKA,LACAC,STRPN,BACAN}.