16S rRNA

Шесть последовательностей 16S рРНК (FINM2, LACAC, GEOKA, CLOTE, BACAN и STAES) удалось извлечь из полногеномных записей embl. Седьмая последовательность была найдена при помощи nblast в базе refseq_rna последовательности найденной ранее рРНК LACAC, как самой близкой филогенетически.

Мнемоника вида	AC записи в EMBL	Начало последовательности	Конец последовательности	Цепь
LACAC	CP000033.3	59255	60826	Прямая
CLOTE	AE015927	41801	43309	Обратная
FINM2	AP008971.1	611796	613319	Прямая
STAES	AE015929	1722288	1723841	Обратная
GEOKA	BA000043.1	10421	11973	Прямая
BACAN	AE017225	9336	10845	Обратная
STRPN	AE007317.1	15161	16674	Обратная

Таким образом, было получено выравнивание пяти последовательностей, по которому было построено дерево, представленное на картинке ниже.

Дерево во многом не соответствует правильному:

В правильном дереве нет ветвей {LACAC,STRPN,GEOKA,BACAN}против{STAES,CLOTE,FINM2} и {STAES,FINM2,BACAN,CLOTE}против{LACAC,STRPN,GEOKA}. В полученном нет {STAES,GEOKA,BACAN}против{LACAC,STRPN,CLOTE,FINM2}, {BACAN,GEOKA}против{LACAC,STRPN,CLOTE,FINM2,STAES}.

Построение и анализ дерева, содержащего паралоги

На основании proteo.fasta было построена БД для поиска посредством blastp гомологов белка CLPX_BACSU. Гомологи белка среди выбранных семи бактерий были найдены, по их выравниванию было построено дерево:

Красным здесь помечен случай эволюции гена в результате видообразования, синим - в результате дупликации гена.