Сбор информации о белке
Для белка с UniProt ID Q16706 EC=3.2.1.114. Расшифровка: 3 - гидролаза, 2 - гликозилаза, 1 - гликозидаза, гидролиз О- и S-гликозильных связей, 114 - гидролиз конечных 1,3- и 1,6-альфа-D-маннозилов в маннозном олигосахариде Man5(GlcNAc)3.
Схема реакции, катализируемой ферментом, выглядит так:
Посчитаем ферменты
При помощи SRS было выяснено, что ферментов того же класса (EC=3.*), что и Q16706, насчитывается 202620, того же подкласса (EC=3.2.*) существует 5037, для EC=3.2.1.* найдено 3121 ферментов; идентичный ЕС имеют 6 белков.
Mus musculus EC=3.*
Ферментов того же класса, принадлежащих мыши, нашлось 1774, с тем же подклассом было найдено 130 ферментов, с тем же подподклассом (EC=3.2.1.*) у мыши 109 ферментов, а классом, под- и подподклассом и порядковым номером нашего белка обладают 2 мышиных фермента.
Далее с помощью команд -makeblastdb и -blastp были найдены 7 белков, данные о которых отражены в таблице:
| AC | ID | e-value | EC |
| P27046 | MA2A1_MOUSE | 0.0 | 3.2.1.114 |
| Q8BRK9 | MA2A2_MOUSE | 0.0 | 3.2.1.114 |
| O54782 | MA2B2_MOUSE | 6,00E-83 | 3.2.1.24 |
| O09159 | MA2B1_MOUSE | 2,00E-82 | 3.2.1.24 |
| Q91W89 | MA2C1_MOUSE | 4,00E-07 | 3.2.1.24 |
| Q6PDQ2 | CHD4_MOUSE | 0.61 | 3.6.4.12 |
| Q504N0 | CBPA2_MOUSE | 0.95 | 3.4.17.15 |
Эта таблица наглядно показывает, что схожесть последовательности идет рука об руку со схожестью функции: значения ЕС найденных blastp белков тем больше отличаются от ЕС нашего белка, чем больше e-value.