| PDB код | Тип (спираль, баррель) |
Какая мембрана (внутренняя или внешняя, организм, органелла) |
Толщина гидрофобной части мембраны в ангстремах | Медиана числа остатков в одном трансмембранном участке |
| 1А91 | Спираль | мембрана (E.coli) | 33.1 | 22 |
| 3rlb | Спираль | мембрана грам-положительных бактерий (Lactococcus lactis) | 30.8 | 18 |
| 4dkl | Спираль | Плазматическая мембрана (Mus musculus) | 32.1 ± 1 | 25 |
| 2qdz | Баррель | Внешняя мембрана грам-отрицательной бактерии (Bordetella pertussis) | 24.5 ± 1.2 | 10,5 |
| 4bum | Баррель | наружная мембрана митохондрии (Danio rerio) | 23.4 ± 0.9 | 9 |
| 2jk4 | Баррель | наружная мембрана митохондрии (Homo sapiens) | 23.4 ± 2.3 | 8 |
Поиск гомологов осуществлялся при помощи blastp в БД swissprot с e-value=1. Были выбраны разгные таксоны:
. Bacteria ...............................................................9
. . Gammaproteobacteria ..................................................4
. . . Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 ...............................1
. . . Enterobacteriaceae .................................................2
. . . . . Escherichia coli K-12 ..........................................1
. . . . Shigella flexneri ................................................1
. . . Haemophilus influenzae Rd KW20 .....................................1
. . Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 ...........................1
. . Roseiflexus ..........................................................2
. . . Roseiflexus castenholzii DSM 13941 .................................1
. . . Roseiflexus sp. RS-1 ...............................................1
. . Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa ............................1
. Euryarchaeota ..........................................................1
. . Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 ...............................1
PDB ID |
Организм |
Тип мембраны |
TC-код |
Угол наклона спиралей (β-тяжей) к нормали |
Количество трансмембранных спиралей (β-тяжей в бочонке) |
3PJZ |
Vibrio parahaemolyticus |
Внутренняя мембрана грам-отрицательной бактерии |
ID 3PIK в БД нет |
1 ± 0° |
20 |
Множественное выравнивание было построено при помощи Muscle и визуализировано в JalView.
Были созданы две новые строки аннотации (TM_REAL и TM_PREDICTED), в которых были помечены трансмембранные остатки по результатам анализа 3D структуры белка и (TM_REAL) и по резульатам анализа THMM последовательности ортолога нашего белка (TRKH_ECOLI). Остатки в выравнивании были покрашены методом Hydrophobicity с Conversation Treshhold = 20%. Гидрофобные остатки окрашены в теплые цвета, гидрофильные - в холодные. Изображение получившегося выравнивания - по ссылке: alignment
TMHMM:
# gi|84029192|sp|P0AFZ7.1|TRKH_ECOLI Length: 483
# gi|84029192|sp|P0AFZ7.1|TRKH_ECOLI Number of predicted TMHs: 10
# gi|84029192|sp|P0AFZ7.1|TRKH_ECOLI Exp number of AAs in TMHs: 244.72282
# gi|84029192|sp|P0AFZ7.1|TRKH_ECOLI Exp number, first 60 AAs: 43.40931
# gi|84029192|sp|P0AFZ7.1|TRKH_ECOLI Total prob of N-in: 0.99785
# gi|84029192|sp|P0AFZ7.1|TRKH_ECOLI POSSIBLE N-term signal sequence
gi|84029192|sp|P0AFZ7.1|TRKH_ECOLI TMHMM2.0 inside 1 8
gi|84029192|sp|P0AFZ7.1|TRKH_ECOLI TMHMM2.0 TMhelix 9 31
gi|84029192|sp|P0AFZ7.1|TRKH_ECOLI TMHMM2.0 outside 32 34
gi|84029192|sp|P0AFZ7.1|TRKH_ECOLI TMHMM2.0 TMhelix 35 57
gi|84029192|sp|P0AFZ7.1|TRKH_ECOLI TMHMM2.0 inside 58 68
gi|84029192|sp|P0AFZ7.1|TRKH_ECOLI TMHMM2.0 TMhelix 69 91
gi|84029192|sp|P0AFZ7.1|TRKH_ECOLI TMHMM2.0 outside 92 132
gi|84029192|sp|P0AFZ7.1|TRKH_ECOLI TMHMM2.0 TMhelix 133 155
gi|84029192|sp|P0AFZ7.1|TRKH_ECOLI TMHMM2.0 inside 156 184
gi|84029192|sp|P0AFZ7.1|TRKH_ECOLI TMHMM2.0 TMhelix 185 204
gi|84029192|sp|P0AFZ7.1|TRKH_ECOLI TMHMM2.0 outside 205 237
gi|84029192|sp|P0AFZ7.1|TRKH_ECOLI TMHMM2.0 TMhelix 238 260
gi|84029192|sp|P0AFZ7.1|TRKH_ECOLI TMHMM2.0 inside 261 272
gi|84029192|sp|P0AFZ7.1|TRKH_ECOLI TMHMM2.0 TMhelix 273 295
gi|84029192|sp|P0AFZ7.1|TRKH_ECOLI TMHMM2.0 outside 296 331
gi|84029192|sp|P0AFZ7.1|TRKH_ECOLI TMHMM2.0 TMhelix 332 354
gi|84029192|sp|P0AFZ7.1|TRKH_ECOLI TMHMM2.0 inside 355 395
gi|84029192|sp|P0AFZ7.1|TRKH_ECOLI TMHMM2.0 TMhelix 396 418
gi|84029192|sp|P0AFZ7.1|TRKH_ECOLI TMHMM2.0 outside 419 455
gi|84029192|sp|P0AFZ7.1|TRKH_ECOLI TMHMM2.0 TMhelix 456 478
gi|84029192|sp|P0AFZ7.1|TRKH_ECOLI TMHMM2.0 inside 479 483