Исследование аминокислотного состава белка IDH_BACSU с помощью программы MS Excel

  1. Последовательность аминокислот белка IDH_BACSU в формате FASTA

    >icd|P39126| IDH_BACSU 1HQS
    MAQGEKITVSNGVLNVPNNPIIPFIEGDGTGPDIWNAASKVLEA
    AVEKAYKGEKKITWKEVYAGEKAYNKTGEWLPAETLDVIREYFIAIKGPLTTPVGGGIRSLNVALRQELDLF
    VCLRPVRYFTGVPSPVKRPEDTDMVIFRENTEDIYAGIEYAKGSEEVQKLISFLQNELNVNKIRFPETSGIG
    IKPVSEEGTSRLVRAAIDYAIEHGRKSVTLVHKGNIMKFTEGAFKNWGYELAEKEYGDKVFTWAQYDRIAEE
    QGKDAANKAQSEAEAAGKIIIKDSIADIFLQQILTRPNEFDVVATMNLNGDYISDALAAQVGGIGIAPGANI
    NYETGHAIFEATHGTAPKYAGLDKVNPSSVILSGVLLLEHLGWNEAADLVIKSMEKTIASKVVTYDFARLMD
    GATEVKCSEFGEELIKNMD
  2. Длина последовательности - 423 а.о.
    подробнее см. книгу IDH_BACSU.xls , лист aa_frequencies
  3. Молекулярная масса белка IDH_BACSU - 46337 а.е.м.
    подробнее см. книгу IDH_BACSU.xls , лист aa_frequencies
    Формула=(Сумма молекулярных масс всех аминокислот)- (Количество аминокислот-1)*(Молекулярная масса воды)

  4. Аминокислотный состав белка IDH_BACSU

    5. Аминокислота Частота,% Самые частые аминокислотные остатки:  
    A, E, G, I, K
    Самые редкие аминокислотные остатки:  
    C, H, W, M, Q
    Вычисление проведены с помощью
    см. книгу IDH_BACSU.xls ,
    лист aa_frequencies
    A 9.93
    C 0.47
    D 4.96
    E 9.46
    F 3.55
    G 8.75
    H 1.18
    I 8.51
    K 7.57
    L 6.86
    M 1.65
    N 5.20
    P 4.02
    Q 2.36
    R 3.31
    S 4.49
    T 5.44
    V 7.33
    W 1.42
    Y 3.55

  5. Средний электрический заряд молекулы: -44.5 e.
    подробнее cм.книгу IDH_BACSU.xls , лист HPhob_scales
    Определенные аминокислоты имеют определенный электрический заряд (при рН=7.0 боковые группы аргинина и лизина имеют средний заряд, равный +1е, гистидина - +0.5е, а остатков аспарагиновой и глутаминовой кислот имеют средний заряд -1е, остальные аминокислотные остатки при рН=7.0 практически не заряжены), поэтому вычисление общего заряда молекулы складывалось из суммирования отдельных его составляюших зарядов.

  6. Сравнение со средним аминокислотным составом белков Bacillus subtillus,
    а также с аминокислотным составом мембранных белков этой же бактерии

    Вывод: белок IDH_BACSU скорее всего немембранный, потому что количество его явно гидрофильных и явно гидрофобных аминокислот примерно одинаково, и соотношение его аминокислот схоже со средним аминокислотным составом белков данной бактерии.

  7. Распределение длин белков Bacillus subtilis

© Anastasia Maslova, 2009