Торсионные углы. Карта Рамачандрана.

  1. Таблица. Измерение торсионных углов остатка Ser10 в белке IDH_BACSU, цепь А

    Название
    двугранного
    угла         		Угол определяется по координатам атомов
    (обращение к атому в соответствие с синтаксисом RasMol,
    в скобках - название атома)         		Данный угол описывает
    поворот вокруг связи     		Результат измерения
    с помощью RasMol
    φ
    1. VAL9:A.C (атом углерода карбоксильной группы 9-го остатка цепи А)
    2. SER10:A.N (азот амидной группы 10-го остатка цепи А)
    3. SER10:A.CA (альфа-атом углерода 10-го остатка цепи А)
    4. SER10:A.C (атом углерода карбоксильной группы
      10-го остатка цепи А)
    		Ni - Cα i -128.01'
    ψ
    1. SER10:A.N (азот амидной группы 10-го остатка цепи А)
    2. SER10:A.CA (альфа-атом углерода 10-го остатка цепи А)
    3. SER10:A.C (атом углерода карбоксильной группы
      10-го остатка цепи А)
    4. ASN11:A.N (азот амидной группы 11-го остатка цепи А)
    		C α i - C i 108.83'
    ω
    1. SER10:A.CA (альфа-атом углерода 10-го остатка цепи А)
    2. SER10:A.C (атом углерода карбоксильной группы
      10-го остатка цепи А)
    3. ASN11:A.N (азот амидной группы 11-го остатка цепи А)
    4. ASN11:A.CA (альфа-атом углерода 11-го остатка цепи А)
    		C i - N i+1 -179.99'
  2. Определение угла φ



    Т.к. угол между векторами a и b считается положительным, если для совмещения их направлений первый необходимо повернуть против часовой стрелки, угол φ<0.
  3. Карты Рамачандрана





    Карта Рамачандрана характеризует, насколько конформация полипептидной цепи энергетически выгодна. Из двух приведенных выше карт можно заметить, что альфа спираль и бета-слой расположены обособленно друг от друга, подавляющее большинство аминокислот имеет отрицательный угол φ. Для всех а.о. в целом характерны углы φ примерно [-170;-30] и [35;60] и ψ - [-60;30] и [90;180] - т.е. расположение в третьей и четвертой четвертях координатной плоскости. Значения для Gly: φ [-100;-20], [60;120]; ψ [-180;-150], [-70;30] и [130;180]. Он более равномерно распределён по плоскости координат в следствие своего маленького размера. Значения для Pro: φ [-90;-45], ψ [-45;0], [120;180]. Они более узки (строго в некоторых областях третьей и четвертой четверти) скорее всего из-за того, что пролин является иминокислотой и по своей структуре немного отличается от канонического плана строения аминокислот.