Контакты белка с лигандом

Таблица. Контакты лимонной кислоты с белком IDH_Bacsu.

Имя атома контакта Имя контактирующего атома белка Расстояние в Å Предположительная природа контакта
O1 6780
(O1 атом молекулы лимонной кислоты)
Lys221B.NZ 2.97 Электростатическое взаимодействие
С1 6779
(С1 атом молекулы лимонной кислоты)
Tyr151A.CE2 3.67 Гидрофобное взаимодействие
O2 6781
(O2 атом молекулы лимонной кислоты)
Arg144A.NH1 2.75 Электростатическое взаимодействие
C2 6782
(C2 атом молекулы лимонной кислоты)
His345A.CE1 4.28 Гидрофобное взаимодействие
O7 6784
(O7 атом молекулы лимонной кислоты)
Arg 110A.NH2 3.05 Ван-дер-Ваальсово взаимодействие
O4 6788
(O4 атом молекулы лимонной кислоты)
Ser104A.OG 2.45 Водородная связь
O3
(O3 атом молекулы лимонной кислоты)
Asn223B.ND2 3.35 Ван-дер-Ваальсово взаимодействие
O6
(O6 атом молекулы лимонной кислоты)
His345A.ND1 3.60 Электростатическое взаимодействие
O5
(O5 атом молекулы лимонной кислоты
Asn106A.CG 4.38 Электростатическое взаимодействие


Самое маленькое расстояние между кислородами лиганда
и серина №104 (2.44 Å).
Скрипт, позволяющий получить эту картинку.