PSI-BLAST

1. Итеративный поиск по банку Swiss-Prot белков IDH_BACSU, P18196, P0A832 и P17265.
   
   

   ID белка	AC белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
   			Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
   IDH_BACSU	P39126	7	354	0.002	0.025	513	4e-05	1.0
   MINC_ECOLI	P18196	7	162	0.005	0.005	881	0.005	0.005
   SSRP_ECOLI	P0A832	2	514	3e-10	5.4	514	5e-31	0.35
   RP5M_RHIME	P17265	4	15	0.005	0.12	25	8e-15	0.025

   
   В случае MINC_ECOLI "расходится" - даже после 7ой итерации список не стабилизировался. В 6ой и 7ой итерации разрыв между E-value самой хушей из находок выше порога и лучшей - ниже порога, стал равен нулю (E-value=0.005). Изменения E-value у самой лучшей находки и "средней":
   
   

   P181196.1	A0KK57.1
   4e-134	4e-38
   1e-94	1e-67
   1e-80	2e-62
   3e-102	5e-80
   3e-81	2e-64
   6e-77	9e-59
   2e-73	9e-59

     Видно, что у лучшей находки E-value повышается, у средней - понижается. Это обусловлено тем, что последующий поиск происходит уже не по   последовательности белка, а по профилю, созданному при предыдущем поиске. После первой итерации белок выравнивается с собственной   последовательностью, а после второй – уже с профилем. Поэтому наибольший скачок E-value наблюдается во время второй итерации.
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
2. Повторный поиски с повышением порога до 0.001 был проведен для MINC_ECOLI:
   
   

   ID белка	AC белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
   			Число находок выше порога (0,001)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,001)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
   MINC_ECOLI	P18196	3	115	0.001	0.001	188	3e-10	0.001

   
   
   Из таблицы видно, что ужесточение порога можно использовать для более эффективного поиска.