Множественное выравнивание последовательностей

1. С помощью SRS получены последовательности "малых дельта-антигенов". Их интерпретацию (невыровненную) с помощью GeneDoc можно посмотреть здесь .
   Выровненный с помощью программы muscle вариант последовательностей находится тут.
   После выравнивания картинка выглядит более обнадеживающе, чем до. Глядя на него, можно предположить, что белки гомологичны. При рассматривании картинки без выравнивания достаточно сложно выявить место вставки/делеции.
2. Множественное выравнивание моего белка и всех найденных гомологов представлено в формате msf. Присутсвуют участки с повышенной долей консервативности: 40-46, 119-123, 171-176, 182-185, 257-260, 379-384, 416-420 столбцы и (1,2,5-7,9); (1-5,7-10); (3-5,7), (6,9,10); (все остатки); (все остатки) белки [считать №остатка сверху]. Также в данном выравнивании есть участки, не несущие никакого биологического смысла, например, концевые участки 0-25 и 495-500; крупные фрагменты в середине: 93-101, 204-208, 291-350, 476-484.
3. delta_aligned_mafft.fasta
   delta_aligned_edialign.fasta
   Выравнивания MAFFT и EDIALIGN сделаны практически одинаково с MUSCLE, но, на мой взгляд, с бОльшим количеством консервативных участков.
4. С помощью CJONSAMBIG создается последовательность, в которой показываются аминокислоты, консервативные для всех последовательностей. delta_aligned_consambig.fasta
   DISTMAT строит матрицу расстояний между последовательностями выравнивания: delta.distmat