Комплексы ДНК-белок.

Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре.

1. Скрипт-файл с определениями множеств set1 (атомы О рибозы), set2 (атомы О в фосфате), set3 (атомы азота азотистых оснований): set-script .
   Скрипт-файл, вызов которого в RasMol даст последовательное изображение всей структуры, только ДНК в проволочной модели, той же модели, но с выделенными шариками множеством атомов set1, затем set2 и set3: set-dna-script .
   ДНК для скрипта можно загрузить здесь .
2. Описание ДНК-белковые контакты в заданной структуре. Сравнение количества контактов разной природы.
   Скрипт
   

   Контакты атомов белка с 1XBR	Полярные	Неполярные	Всего
   остатками 2'-дезоксирибозы	4	4	8
   остатками фосфорной кислоты	0	1	1
   остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	2	2	4
   остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	3	2	5

   Неполярных контактов гораздо больше полярных. Белок контактирует с ДНК в малых бороздках, причем связей с рибозой больше, чем с нуклеотидами и фосфатом.
3. Визуализация контактов между ДНК и белком (сделана с помощью программы nucplot ):
   
   
4. а) аминокислотный остаток с наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК:
   
   
   б) 2 аминокислотныx остатка, наиболее важные для распознавания последовательности ДНК, т.к образуют α-спираль, которая заходит в бороздку ДНК:
   Остатки выделены красным цветом и подписаны.
   

Предсказание вторичной структуры заданной тРНК

1. Картинка с первым (из 3х) по счету предсказанием вторичной структуры по алгоритму Зукера:
   
2. Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 1EXD.pdb:
   

   Участок структуры	Позиции в структуре ( по результатам find_pair)	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
   Акцепторный стебель	5' 901-907 3' 5' 966-972 3' Всего 7 пар	5 из 7
   D-стебель	5' 937-944 3' 5' 926-933 3' Всего 8 пар	3 из 8
   T-стебель	5' 949-953 3' 5' 961-965 3' Всего 5 пар	все верно
   Антикодоновый стебель	5' 910-912 3' 5' 923-925 3' Всего 3 пары	7 из 3 возможных
   Общее число канонических пар нуклеотидов	23	20

   
   Алгоритм Зукера по максимуму минимизирует нестандартные взаимодействия, которые поддерживают L-форму. Поэтому он не очень точен.