EC (классификация ферментов). KEGG (Метаболические пути).

  1. Заданный фермент - IDH_BACSU.
    EC 1.1.1.42:
    1 - Оксидоредуктаза [Oxidoreductases]
    1 - Использует СН-ОН группу доноров [Acting on the CH-OH group of donors]
    1 - Акцептор - NAD+ или NADP+ [With NAD+ or NADP+ as acceptor]
    42 - Изоцитрат дегидрогеназа (NADP+)[Isocitrate dehydrogenase (NADP+)]
    Реакция: (1) isocitrate + NADP+ = 2-oxoglutarate + CO2 + NADPH
                    (2) oxalosuccinate + NADP+ = 2-oxoglutarate + CO2 + NADPH



    Для активности необходимы ионы Mn2+ или Mg2+.

  2. Метаболические пути, в которых участвует фермент:

    3. Имя локуса гена: icd;
    KEGG ORTHOLOGY:K00031;
    ko00020    Citrate cycle (TCA cycle) [Цикл трикарбоновых кислот или цикл Кребса или ЦТК]
    ko00480    Glutathione metabolism [Глутатионовый метаболизм]
    ko00720    Carbon fixation pathways in prokaryotes [Метаболические пути усвоения углерода у прокариот]
    ko04146    Peroxisome [Пероксисома]



  3. Cтруктурные формулы заданных соединений в KEGG:

    4. -L-лизин [L-lysine]
     COMPOUND: C00047



    -Ацетил-СоА [Acetyl-CoA]
     COMPOUND: C00024



  4. Метаболический путь от одного заданного вещества к другому:

    5. Путь: биосинтез лизина
    Цепочка: Ацетил-СоА→гомоцитрат→Гомо-цис-аконитат→Гомо-изоцитрат→Оксоглутарат→2-оксоадипат→L-2-аминоадипат→ N2-ацетил-L-аминоадипат→N2-ацетил-L-аминоадипил-δ-фосфат→N2-ацетил-L_аминоадипат семиальдегида→N2-ацетил-L-лизин→L-лизин

  5. Сравнение метаболических путей разных организмов

    6. Возможность выбранной цепочки ферментативных в разных организмах с известными полными геномами.
    Организм Возможна ли цепочка реакций
    (да/нет/неизвестно)    		 Обоснование
    Escherichia coli K-12 MG1655 нет из 11 необходимых ферментов найдены гены только для двух
    Archaeoglobus fulgidus нет из 11 необходимых ферментов найдены гены только для двух
    Arabidopsis thaliana нет из 11 необходимых ферментов найдены гены только для трёх
    Homo sapiens нет из 11 необходимых ферментов найдены гены только для пяти

  6. Сравнение ферментов из далеких организмов:

    7. ЕС:2.7.7.1
    Снять опцию использования маски (Use wildcards) неоходимо для того, чтобы находились только ферменты с кодом 2.7.7.1, а не 2.7.7.1*.
    Запрос: ([uniprot-ECNumber:2.7.7.1] & ([uniprot-ID:*_human] | [uniprot-ID:*_ARCFU])).
    Нашлось 4 белка: NADM_ARCFU, NMNA1_HUMAN, NMNA2_HUMAN, NMNA3_HUMAN.
    C помощью одного запроса в SRS получено краткое описание записей UniProt, затем в меню Display Options выбрана опция "SW_InterProMatches". Доменная организация по PFAM у найденных белков одинакова. Они все содержат один и тот же домен: PF01467. Для дальнейшей работы были выбраны 2 белка: NADM_ARCFU, NMNA1_HUMAN.
    Выравнивание . Идентичность 13,3%.
    Лучший ортолог для гена AF2315 (NADM_ARCFU) - Oryza sativa japonica (Japanese rice): 4329040 (белок не является гипотетическим). Процент совпадения 29,9%. Длина выравнивания - 115 а.о.
    Лучший ортолог для гена NMNAT1 (NMNA1_HUMAN) среди Архей не найден. Если брать опцию Best, то нашлось Nitrosopumilus maritimus: Nmar_1577. Процент совпадения 25%. Длина выравнивания - 117 а.о.
      © Anastasia Maslova, 2011