Эволюционные домены. Pfam.

    Дан домен по версии БД Pfam: PF00180.
  1. Выбраны следующие архитектуры с данным доменом:
    Iso_dh PF00180, Isochorismatase PF00857 (доступно 12 последовательностей);
    Iso_dh PF00180 (только 1 домен, доступно 5600 последовательностей).
    Iso_dh - один из ферментов суперсемейства, состоящего из димеров с активным сайтом между двух субъединиц. Это важный фермент метаболизма углеводов, катализирует декарбоксилирование изоцитата в альфа-кетоглутарат. NAD(Н)-зависим. Isochorismatase - 2,3-дигидро-2,3-дигидроксибензоат синтаза (гидролаза). Катализирует превращение изохоризмата в 2,3-дигидроксибензоат и пируват в присутствии воды.
  2. Для проверки гипотезы о том, что слияние доменов, приведшее к образованию данной доменной архитектуры, произошло в один раз и передавалось по наследству, собраны следующие данные:
    - Выборка из 12 последовательностей белков с доменной архитектурой Iso_DH и 10 - с Isochorismatase. Несколько неравнозначный выбор последовательностей обусловлен тем, что домен Isochorismatase представлен только у эукариот, а Iso_DH - в основном у бактерий.
  3. Общее выравнивание двух групп последовательностей в пределах домена:



  4. Было построено филогенетическое дерево (fprotdist, fneighbor). Вид дерева в программе MEGA:



  5. Выводы:
    Архитектура Iso_dh совместно с Isochorismatase образовалась единожды в течение эволюции. Iso_dh встречается гораздо чаще изохоризматазы, т.к. является одним из ключевых белков в углеводном метаболизме.
      6. © Anastasia Maslova, 2011