Знакомство с Pymol

Загрузка структуры: fetch 1oko
Оставим одну копию белка: hide all
select chain_a, chain a
show cartoon, chain_a
Кальций в виде сферы: select Ca,( resn ca and chain_a)
chow spheres, Ca sphere_scale set to 0.30000 (размер сфер)
color marine, Ca
Галактоза в виде палочек: select Gal, resn gal and chain_a
show sticks, Gal
color yellow, Gal

Галактоза и кальций связаны с субъединицей лектина с помощью водородных связей.
Определим множества доноров и акцепторов Н-связи: select don, (name n, name o and (neighbor hydro))
select acc, (name o or (name n and not (neighbor hydro)))
Определение водородных связей: dist hbaCa, Ca, (chain_a and don), 3.2
dist hbdCa, Ca (chain_a and acc), 3.2
dist hbaGal, Gal, (chain_a and don), 3.2
dist hbdGal, Gal, (chain_a and acc), 3.2

Белый фон: bg_color white.
Водородные связи Са показаны синим, галактозы - черным. Чтобы найти остатки, образующие связи с лигандом, можно сделать модель sticks и вручную просмотреть атомы. Помимо белка галактозу координируют молекулы воды.
select water, (resn hoh and (Gal around 3.2))
show spheres, water



Настройки шрифта:
set label_size, 15
set label_font_id, 12
Можно сделать cartoons полупрозрачным: create new_1oko, chain a
remove 1oko in new_1oko
set cartoon_transparency, 0.3, new_1oko



© Anastasia Maslova, 2012