Практикум 1: электронная плотность, кинематическая теория рассеяния, соответствие модели экспериментальным данным

1. Файл с электронной плотностью белка 1HQS взят отсюда .
2. Примерный скрипт для PyMol:

   load 1hqs.omap, map
   load 1hqs.pdb, 1HQS
   hide all
   show sticks, byres chain a and resi 58-63
   label chain a and resi 58-63
   set label_color, red
   set label_size, -0.5
   isomesh map1, map, 1.0, chain a and resi 58-63, 1
   color yellow, map1
   isomesh map2, map, 0.5, chain 58-63, 1
   set mesh_width, 0.8
   

3. Электронная плотность пептида 58-63 а.о.
   
   
   
   
4. Электронная плотность Trp58
   
   
   
   
5. Электронная плотность Lys59. Здесь за уровень электронной плотности взяты значения 0.5 и 1.5.
   
   
   
   
6. Электронная плотность Tyr62
   
   
   
   
7. Больше всего электронная плотность сосредоточена у элктроотрицательных атомов. Теперь, пример того же Tyr62, но с использованием команды isodot и уровнем электронной плотности 0.5 и 1.5.