Практикум 2: кристалл, группа симметрий, структурные факторы (Pymol и PDB записи)

  1. Файл с электронной плотностью белка 1HQS взят отсюда .



  2. Ячейка почти ортоганальная, белок находится в центре ячейки. Параметры ячейки находятся в pdb файле (строка CRYST1): 
            
CRYST1   73.690   73.290   80.900  90.00 109.48  90.00 P 1 21 1      4
    Первые 3 значения - длины сторон ячейки (в ангсремах), следующие три - углы между соответствующими сторонами (в градусах), далее идут: тип центрирования, тип симметрии и самая последняя цифра - количество мономеров в ячейке.
  3. Количество соседних молекул в ячейке:
    symexp sym, 1HQS, (1HQS), 5



    Получилось 14 соседей (в центре зеленым выделен исходный 1HQS): 
    PyMOL>symexp symmetr, 1HQS, (1HQS), 5
 ExecutiveSymExp: Generating symmetry mates...
 Executive: object "symmetr01-1-1-1" created.
 Executive: object "symmetr01-1-100" created.
 Executive: object "symmetr01-100-1" created.
 Executive: object "symmetr00-10000" created.
 Executive: object "symmetr01-10000" created.
 Executive: object "symmetr0100-1-1" created.
 Executive: object "symmetr0000-100" created.
 Executive: object "symmetr0100-100" created.
 Executive: object "symmetr000000-1" created.
 Executive: object "symmetr010000-1" created.
 Executive: object "symmetr01000000" created.
 Executive: object "symmetr00000001" created.
 Executive: object "symmetr00000100" created.
 Executive: object "symmetr00010000" created.
  4. Файл структурных факторов, содержащий результаты рентгеноструктурного эксперимента, был скачан здесь. Пример данных в файле:
    data_r1hqssf
#
loop_
_refln.wavelength_id           -указатель на _diffrn_radiation.wavelength_id
_refln.crystal_id              -указатель на _exptl_crystal.id
_refln.index_h                 -индекс отражения
_refln.index_k                 
_refln.index_l                 
_refln.F_meas_au               -измеренное значение структурного фактора
_refln.F_meas_sigma_au         -стандартная ошибка (оценочное стандартное отклонение)
1 1    0    0    4      133.500        11.700
1 1    0    0    5      319.900        12.200
1 1    0    0    6      110.300         3.900
1 1    0    0    7      218.000         8.000
    Cтруктурные факторы, которые были получены в эксперименте, максимальная и минимальная измеренные амплитуды рефлекса у меня в файле не прописаны, но их можно посчитать. Количество структурных факторов - это количество значений в файле, т.е. 114793. Измеренные амлитуды рефлекса можно найти в предпоследнем столбце - 988 и 2,1 (максимальное и минимальное значение; стандартное отклонение 29,7 и 1 соответственно). Маскимальное стандартное отклонение у значения 75,1 - 58, минимальное - у минимального значения, приведенного выше.
© Anastasia Maslova, 2012