Практикум 10

Для выравнивания были выбраны организмы Bacillus subtilis и Bacillus infantis. Выравнивание строилось по единственным имеющимся хромосомам соответствующих организмов. Поиск осуществлял по "Browse by Organism", сборка не ниже хромосомной.

В ходе выравниваний, стало ясно, что даже далекие друг от друга виды с помощью megablast и blastn выравниваются довольно хорошо. Однако отличия все же есть. Выравнивания предстаавлены ниже:

**Рис. 1** Выравнивание с помощью алгоритма blastn.

**Рис. 2** Выравнивание с помощью алгоритма megablast.

По данным анализа замечаем, что точки начала отсчета в двух хромосомах совпадают. График, полученный при помощи blastn отличаются от megablast наличием большего количества вертикальных и горизонтальных "штрихов". Следовательно в последовательностях содержится большое количество повторов разной длины. Megablast не считывает повторы слишком малой длины длины и не строит соответсвующие выравнивания.

По местам разрыва грфаики можжно понять, что имеют место быть протяжные инсерции/делеции