Cравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК

Задание 1

Предсказание вторичной структуры заданной тРНК

Для предсказания вторичной структуры ДНК использовались программы einverted и RNAfold (алгоритм Зукера). Результаты выдачи программ сравнены в таблице 1 с выдачей программы find_pair, полученной раннее. Параметры для einverted: Gap penalty: 4, Minimum score threshold : 8, Match score : 3, Mismatch score : -4.

Предсказание вторичной структуры тРНК по алгоритму Зукера

C помощью программы RNAfold была предсказана вторичная структура тРНК.

"Участок структуры"	Позиции в структуре (по результатам find_pair)	Результаты предсказания с помощью einverted	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	5'-501-507-3' 5'-566-572-3' 7 пар	2/7	7
D-стебель	5'-510-513-3' 5'-522-525-3' 4 пары	0/4	5
T-стебель	5'-549-553-3' 5'-565-561-3' 5 пар	3/5	5
Антикодоновый стебель	5'-538-544-3' 5'-526-532-3' 7 пар	0/7	5
Общее число канонических пар нуклеотидов	23	6 пар верно	22

Задание 2

Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

Белок: 1r4o. Программа: Jmol.

Скрипт содержащий команды для определения групп атомов: ссылке

Также с помощью данной программы были определены контакты между белком и ДНК. Скрипт по ссылке.

Результаты подсчета контактов приведены в таблице

Контакты атомов белка	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	1	20	21
остатками фосфорной кислоты	13	16	29
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	4	9	13
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	1	1

Задание 3

Программа nucplot.

Программаа nucplot: получил каноническое изображение взаимодействий остатков белка с ДНК (верхние изображения). Кроме того определен аминокислотный остаток с наибольшим количеством контактов с ДНК (picture 5).Достаточно значимыq для распознавания последовательности ДНК zdkztncz а.о. arg466, т.к. он имеет явные водородные связи с азотистым основанием ДНК.(picture 6)